地質学者のミズノと記者志望の大学生ユカリが地質調査に訪れた天見山のふもとの村。そこは他所から訪れる人々とは極力関わりを持たない、閉鎖された環境の集落だった。何かを隠している村人たちを横目に黙々と地質調査を行う二人は、アキという少女と仲良くなり、因習が残る村から一緒に出る事を提案する。そして調査を終えたミズノとユカリが村を去る日、神社にて不気味な祈祷が始まる。村の長・ヒムロ監視の下、不気味なお面を被り祈りを捧げる3人の少女は、順番に仮面を外し毒薬を飲み始める。その行為は、村に古くから伝わる天からの厄災「大いなる星の獣」に祝女を捧げる生贄の儀式だった。時を同じく、ミズノとユカリの誘いを断り村に残ったアキは村の奥地にて怪獣の赤ちゃんと出会う。そして35年の月日が流れて…。