韓国･済州島の秘密研究所アークが何者かに襲撃され、惨たらしい殺戮の中でひとりの少女が生き残る。その少女は、遺伝子操作によって超人的なアサシンを養成する〈魔女プロジェクト〉の実験体だった。初めて研究所の外に足を踏み出した少女は、心優しい牧場主の女性ギョンヒとその弟デギルのもとに身を寄せ、少しずつ人間らしい感情に目覚めていく。しかし並外れたスーパーパワーを秘めた少女を危険視した〈魔女プロジェクト〉の創始者、ペク総括は、彼女を抹殺するためにスゴ腕の女性工作員チョ･ヒョンを送り込む。時同じくしてアークを壊滅させた超能力者集団“土偶”と、地元の犯罪組織も牧場に押し寄せ、ミステリアスな少女との壮絶なバトルの火ぶたが切られるのだった……。