母親の誕生日に毎年、シカゴに帰省するモーガン。家族との再会を楽しんでいた夜、突然刑事によって少年殺害の容疑で逮捕されてしまう。ホッチは部下の容疑を晴らすべく、BAUチームを同行しシカゴ入りする。次第に明らかになるモーガンの知られざる生い立ちと、封印された過去の罪…。
降下訓練中に海兵隊員のパラシュートが開かず、地上に止まっていた車に激突する。ギブスのチームは事故現場に急行し、海兵隊員の死が事故だったのか殺人だったのかを究明する。
エージェント・ハンドはコールソンが敵と疑い飛行機をハブへ強制送還させるべく動く。コールソンはハンドを疑うが、その時、ヒドラの復活の知らせを受ける。シールド内部にヒドラの残党がいて、一気に反乱を起こしたのだ。コールソンは、メイが使っていたフューリー長官への回線を使い、彼とコンタクトを取ろうとするが、長官は死んだとの報告を受ける。
路地裏で女性の変死体が見つかった。遺体は十字架に磔にされたようなポーズを取り、両手のひらには聖痕を思わせる傷があった。所持品の名刺から、身元は会計士のスザンナ･リッチランドと判明。彼女の部屋を訪れたキャッスルは、壁に貼られた多数の“宗教的なシンボルの写真”を見るなり、黒魔術で使用されている記号と指摘し、儀式的な殺人を疑う。さらに、監視カメラ映像からスザンナの後をつける修道士の姿が見つかった上に、彼女が“秘宝の在りかを示す古い手紙”について探っていたことを知ったキャッスルは…。
強盗事件の犯人が刑期を終えて釈放される。事件の共犯者はまだ明らかになっておらず、NCISチームは捜査を再開して張り込みをする。
