深海ラボで殺人事件が起き、しかも犯人がまだその場にいる可能性もある。アダム、ジュニア、タニの3人が太平洋の海底に挑む。
感謝祭の日。ジュニアとタニは、ジュニアの実家に泥棒に入った男を捜し、ファイブ･オーは資産家の殺害と、超高額なコアの木の窃盗を捜査する。一方ダニーは、マクギャレットの家に居候することに。
ファイブ･オーは引き続き、逃げたアーロン･ライト (ジョーイ･ローレンス) を追っている。彼がNSAから奪ったサイバー兵器を何者かに売ってしまう前に捕まえねばならない。シーズン9のフィナーレ。ファイブ･オー本部に謝罪のため客が訪れ、マクギャレットやチームに危険が迫る。
ロープを切られ殺された窓清掃員は、実はよく知られた匿名のストリート･アーティストで、その謎めいた行動には政治的な意図が込められていた。グローヴァーとアダムはギャンブラー殺しを捜査。ジュニアは亡くなった妹の思い出と向き合えずにいた父に寄り添っていく。
