街でバスジャック事件が発生。騒ぎの発端はロッコという男と彼を追う組織とのカーチェイスだった。ロッコはマフィアの幹部だったが、FBIと取引して組織の犯罪を証言する約束をしていた。SWATはFBIと共同でロッコの捜索に当たる。クリスは戦術リーダー講習に応募する。だがタンとストリートも応募していたことを知り、猛烈なライバル心を燃やす。
NCISはクルーズ船のサウナで発見された死体について捜査する。死体の発見者はマクギーの義母ジュディ (パトリシア・リチャードソン) だった。
自傷癖のあるハワードは、幼い頃から父エリオットが酒に溺れて家族を捨てたと聞かされていた。ところが、実は父親が1953年に殺害されていたという真実を知り、再捜査を依頼してきた。そんな中、ニューヨークにいるはずのリリーの妹クリスティーナが、突然訪ねて来る。しかし、リリーの反応は…。
マラノーチェの大物ラファエル・シフエンテスの裁判で、検察側の証人リアズが証拠物件の拳銃を検事から奪い、ラファエルと共に逃走した。