Michael J. Rogers

モルダーがUFO墜落事故の政府による隠蔽工作に密かに潜入したことで、X-ファイルプロジェクトの未来が危ぶまれる。

3人のそっくりな医師の殺人事件を捜査する中で、モルダーは行方不明の妹について驚くべき発見をする。スカリーは変身したバウンティ・ハンターに命を狙われる。

監視人側の厳しい追跡を受けて負傷し、メンバーの足手まといになるのを恐れ、自らの身を犠牲にしたエッタ。娘の身の上に起こった悲劇は、ピーターの心に激しい復讐心を燃え上がらせる。一方、オリビアもまた、1度ならず2度も娘を失ったショックから、やるせない思いを抱えていた。そんな中、ピーターは監視人の1人を捕らえたという知らせを受け、会いに行く。

娘の死に対する復讐心から、ある驚くべき行動に出たピーター。だが、そのことをオリビアたちに話そうとはしない。一方、ビショップ博士はアンバーから、さらに新たなテープを取り出す。テープの指示に従い、あるアパートへ向かったビショップ博士たち。テープによると、そのアパートから世界のポケットへ行けるという。だが、その世界は、まさに異次元空間であった。

フリンジ･チームと監視人たちは激しい攻防を続けていた。ニーナの助けを借り、2本のシリンダーを手に入れることに成功したフリンジ･チーム。一方、娘の死への復讐心から自らの体にあることをしたピーターは、超人的な能力を使い、単独で監視人に挑む。だが、ピーターの異変に気づき、人間離れした能力を目の当たりにしたオリビアは、彼に恐ろしさを感じてしまう。

炭疽菌を使ったバイオテロ計画の捜査を進めるうちに、ゴーレンのかつての敵、エリザベスの姿が浮かび上がる。彼女が事件の中心になっていることは明らかなのだが…。