ナルトが三尾の中にいると聞かされる木ノ葉の仲間たち。幽鬼丸の不可思議な感覚を信じるしかないカカシたちは導きに従い、救出作戦を試みることに。その頃、三尾の内部では襲い来る小型三尾の攻撃にさらされたナルトと紅蓮が窮地に陥っていた。霧に包まれた峡谷で二人が目の当たりにする恐るべきものとは…？

目覚めてしまった三尾に対抗する為、再び封印班は結界四方封陣を試みる事に。危険な場所から幽鬼丸を遠ざけようとするサイだが、カブトの術によって強化されたヌラリ、キホウ、キギリの突然の奇襲を受け、幽鬼丸を奪われてしまう。だが、木ノ葉による三尾封印が完成しかねない状況に、カブトが取った行動とは？

幽鬼丸の全ての力と命を使い切り、三尾に木ノ葉を叩かせようと目論むカブト。三尾の凄まじい力に封印を破られそうになるシズネ達の危機を救った意外な存在とは。一方、憔悴する幽鬼丸の元に駆けつけるナルトと紅蓮。紅蓮の懸命の呼びかけに意識を取り戻す幽鬼丸だが、麟児は幽鬼丸に、母親の死の真相を暴露してしまう。

遂にナルトの前に姿を現したカブト。紅蓮と幽鬼丸の気持ちを利用した大蛇丸の計画を聞かされ激昂するナルトは、カブトとの戦闘に突入する。衰弱した幽鬼丸とともに、その場から脱出を図る紅蓮だったが、カブトに操られた麟児がその前に立ちはだかる。幽鬼丸を守るため、紅蓮が取った戦術とは…。

昏睡する幽鬼丸を診るシズネだが、幽鬼丸は二度と三尾を操れぬ体となっていた。任務続行は不可能と判断した綱手は、皆に帰還命令を出す。その夜、幽鬼丸は一人姿をくらましてしまう。追いかけるナルトが月明かりの中で目にしたものとは…？ そしてナルトたちの出立の日、湖には“暁”のデイダラとトビの姿があった。

アジトでもがき苦しむ大蛇丸。その肉体を永らえさせるにはもはやレベル10の薬が必要だった。しかしやまぬ激痛の中、転生への気力を漲らせる大蛇丸。一方、サスケもまた転生の時が近いことを感じていた。里抜けから三年という歳月を経て、サスケが出した結論とは？ ――今存在の全てをかけて、鷹と大蛇が激突する。

古き肉体を脱ぎ捨て、白大蛇の姿と化す大蛇丸。サスケの肉体を得ようと襲い掛かる大蛇丸の脳裏に、両親の墓前で見た白蛇の抜け殻の思い出がよみがえる。写輪眼への渇望に突き動かされるまま、遂にサスケの自由を奪う大蛇丸。やがて始まる、誰も抗えない「転生の儀式」とは…。

大蛇丸を倒したサスケは水槽に捕らわれていた男――水月に自由を与える。しかし水月は、自分と一緒に来るようにとのサスケの申し出を簡単には受け入れない。サスケがかつて百地再不斬を倒した小隊に属していたと知る水月は、「自分が再不斬の大刀を手に入れられたら、サスケに付いてもいい」と条件を出すのだった。

南アジトを訪れるサスケと水月。アジトの警備の手薄さに驚く水月だが、囚人たちが逃げられないのは香燐の能力ゆえだという。同行を渋る香燐を「牢番」という役割から解放するため、囚人達を水月に解放させてしまうサスケ。取り残された密室でサスケを見つめる香燐の脳裏には、数年前の出会いの光景がよみがえっていた。

次なる同行者、重吾を連れにいく為、北アジトに向かうサスケ達。道行き、香燐は北アジトが恐るべき人体実験場である事を告げる。重吾は異常な殺人衝動を持つ忍で、大蛇丸の呪印の元となる酵素を持つ、唯一のオリジナルだという。たどり着いた北アジトでは、大蛇丸死すの情報を受けた実験体たちが暴動を起こしていた。

重吾の元に辿り着くサスケ。しかし重吾は連れ出されることを断固拒否する。このままのたれ死んだとしても絶対にアジトを出ないと、頑なに心を閉ざす重吾だが、湧き上がる殺人衝動に身を任せ、サスケとの戦闘に突入してゆく。水月が加わり、更に熾烈を極めてゆく戦いの中で、重吾の脳裏に蘇る懐かしい面影とは…。

ナルトの結婚式が間近に迫る中、仲間たちは着々と結婚祝いを用意しカカシから発令された極秘任務を達成していた。しかしまだ誰にも明かされていない極秘任務の真の目的は――祝いの品を見定めナルトとヒナタの結婚式に出席できる者を決める事。発令したものの、皆が一生懸命集めた品を見てカカシは「本当にこれでいいのだろうか…」と思い悩む。そんな中、極秘任務の真の目的を知ってしまったサクラやキバ達は怒り、カカシに詰め寄るのだった。