くノ一ツバキの胸の内

人里離れた山の奥深くで、ときに厳しく、ときに和気藹々と修行に励んでいるくノ一集団「あかね組」。その中で戌（イヌ）班に所属するサザンカとアサガオが、夜中にこっそり寝床を抜け出し、どこかへ向かいました。戌班班長のツバキはふたりを捕まえ、抜け出した理由を問い質します。すると、「男をぶっ倒すため」と答えました。

『努力と天才』あかね組では、班同士で実力を確かめ合う実戦練習が抜き打ちで行われます。ある日の班対抗実戦で、ツバキの戌班は、未（ヒツジ）班と対戦することに。自称“天才”の未班班長・ベニスモモが班員に隠しているヒミツとは――。『姉さまと脱出計画』サザンカは、最近、ツバキがかまってくれないことに不満と心配を抱いていました。気を引こうとしたサザンカは、アサガオを留守番にして授業を抜け出します。一方、上級生の教室で授業を受けていたツバキは、イヤ～な胸騒ぎを覚え……。

『仲良し対決』サザンカとアサガオの凸凹コンビは、性格も正反対のため、連携行動を苦手としていました。そこでツバキは、いつも一緒で、動きも息ぴったりな巳（ヘビ）班のウイキョウ、キキョウに、「仲良くなるコツ」を聞きに行くことに…。『男鬼ごっこ』ツバキを含む上級生の間では、まだ見ぬ男に対しての興味が高まり、授業の合間にも互いの妄想を話し合うように…。それを危惧したハナは、「男は危険！」の認識を改めて植え付けるため、「男鬼ごっこ」の開催を宣言する――。

『男と女』ハナの話から、男に関する衝撃の事実を知ってしまったツバキ。その後、ハナの判断で全てを聞かされることになります。かつて男の忍者集団「あおい組」と交流があったこと、そして男と女との間には胸を高鳴らせる“あるもの”が芽生えることも――。『モクレンの医療術』申（サル）班の班長であり、医療術が得意なモクレン。久々の休日をのんびり過ごそうと決めていたものの、頼まれたら断れないモクレンはちょっとした災難や治療のお願いが重なりバタバタしてしまい…？

『果物を巡るたたかい』何よりも食べることが好きなアサガオに、ショックな出来事が。大切に育てていたあけびを、午（ウマ）班のヒナギクに食べられてしまったのです。さらに“誰よりも可愛い”ことを自称するヒナギクから「かわいい対決」を挑まれたツバキは、どう対抗する……!?『一人前と甘やかし』丑班の下級生班員・アジサイには、大きな悩みがありました。それは、班長であるシオンと上級生班員のスズランの過保護が過ぎること。一人前として扱われたいアジサイは、ツバキに決闘を挑み、実力を証明しようとしますが――。

『転入生』ある日、あかね組に他の里から転入生がやってくることに。組のみんながワクワクする中、現れたのは、狐のお面で顔を隠した「リンドウ」という人物でした。自分のことを「ボク」というリンドウには、男ではないかというウワサが広がり――。『人見知り』リンドウは、ツバキが班長を務める戌班に加入しました。班の仲間と食事やお風呂を共にすることになりますが、恥ずかしがり屋のリンドウはなかなか打ち解けることができません。さらにサザンカもどこか他人行儀で……。