“空の果て”を見つけるため、旅立ちの時をむかえた空飛ぶ島イスラ。その出帆式典に、飛空士見習いのカルエルはいた。華やかな式典の雰囲気とは裏腹に飛空機を操縦するカルエルの目線は、イスラ管区長ニナ・ヴィエントに、憎しみを持ってむけられていた……。

湖畔で偶然出会ったクレアのことが気になるカルエル。カドケス高等学校飛空科に入学し、センテジュアル組になったカルエルは、実習で飛空ペアを組むことになり、クレアにペアを申し込む。しかし、ヴァンヴィール組のファウストが因縁をつけてきて……。

カドケス寮にクレアを招くカルエル。アリエルが絶品のカレーでもてなし、クレアの緊張がほぐれ寮生たちとも自然と打ち解ける。カルエルたちが入学して一か月が経ち、飛空演習はライフルによる狙撃や、編隊を組んでの飛空など、空戦仕様のものとなっていく。

ファウストの計略によって、クレアと共に遭難してしまったカルエル。海にエル・アルコンを着水させ救助を待つが、雨が降り雷も鳴り始め……。一方、カルエルたちを心配するアリエルは、父ミハエルが幼いカルエルを家に連れてきた日のことを、思いだしていた。

出帆から４か月が過ぎ、イスラは聖泉の間近まで来ていた。飛空生たちは真夏の青空のもと厳しい陸戦訓練をこなし、湖畔で野営をすることに。和気あいあいの楽しいキャンプであったが、クレアの表情はどこか暗く、なぜかカルエルと距離をとろうとする。

イスラは世界の中心と予想されている聖泉に辿り着く。その壮大な景色に感動する飛空生たち。島は聖泉到達を祝い、お祭りムード一色に。しかし、騎士団が撃墜した飛空機が、空を領有するという伝説の「空の一族」であると発覚。この先の旅に暗雲がたちこめる。