なんの特徴もないごく普通の男子、羽瀬川拓人には裏の顔がある。それは、非公開教育機関＜学園＞の生徒であること。そんな拓人は、召還術の追試中、魔法陣が原因不明の暴走を起こし、一国を滅ぼせるほどの強大な力を持つ正体不明の超美少女を召還してしまう。その非常事態に駆けつけた＜学園（マジシャンズ・アカデミィ）＞の先輩である榮太郎とエーネウス、そして拓人の従姉妹の鈴穂は、拓人を抱えて逃げる少女をなんとか捕まえようとするのだが…。

寒河江教授の講義中、いつものように大暴れしたタナロットと鈴穂、そしてその喧嘩の原因(?)でもある拓人の三人は、〈学園(マジシャンズ・アカデミィ)〉の迷宮ともいわれる地下倉庫の罰掃除を言い渡された。倉庫内で精霊化したアイテムたちを倒して、整理整頓するのが彼らに与えられた使命。 タナロットと鈴穂の二人は、どちらが多く精霊化アイテムを倒せるかの勝負で盛り上がり、作業は順調に進んでいるかに見えたが、倉庫内にはなにやら怪しげな陰謀が渦巻いていて…?

〈学園〉敷地内に厳重に封印されていたはずのアレが二十年ぶりに復活!平和だった〈学園〉は不穏な空気に包まれ、何も知らない拓人たちがいつもどおり〈学園〉に行くと、そこはすでに戦場と化していた。 あの榮太郎が危険視し、警戒する『福音を告げてしまうもの(エヴァンゲリスト)』とは一体何なのか!?〈学園〉中を恐怖のどん底に叩き落としたその正体がついに明らかとなる…!

〈学園〉では、恒例の鈴穂とタナロットの喧嘩が今日も盛大に行われている。ほとんどの生徒達が鈴穂の能力を恐れ、遠巻きに見ている中、髪のリボンを解き、〈宵藍の侵奪者(ミッドナイトブルー・ヴァンパイア)〉へと変貌した鈴穂の姿に、密かに想いを寄せる一人の男―メタリスの姿がそこにはあった。 熱烈な愛の告白を受けた鈴穂は、拓人の後押しで、とりあえずデートをする事になったのだが…!?