県立舞浜南高校で高校生活を楽しむキョウは、幼馴染のリョーコの頼みで、自主映画に出演する。撮影中、キョウはプールの飛び込み台に立つ謎の美少女シズノを目撃し、「水泳部への入部希望者だ！」と考えて勧誘しようとするが、真剣な眼差しで訴えかけるシズノの声はなぜかキョウに届かない。あきらめてプールへと飛び込んだまま、姿を消してしまうシズノ。「幽霊？」と不思議に思いつつも、キョウは部員不足で廃部寸前の水泳部を救うための「完璧な作戦」を考え付く。リョーコにシズノをモデルにした水泳部のPRビデオを撮影してもらい、それにつられた男子生徒を入部させるというものだ。早速キョウは“謎の転校生”シズノの姿を探し回る。

プールの中で口づけをするキョウとシズノ。だが、キョウが水面から顔を上げるとシズノが消えていた。翌日からキョウはシズノを捜して学校中を駆け回るが、誰も彼女の存在を知らない。その頃シマ達は、シズノの干渉によって混乱した舞浜サーバーのシステム調整に奔走し、懲罰としてシズノをオケアノスに拘束する。存在しないシズノを捜し回るキョウに、リョーコ達は呆れ果て、カワグチとはケンカにまで発展してしまう。そのもやもやを吹っ切るようにプールに飛び込み、泳ぎ続けるキョウ。「前に、前に進みてーんだよ、オレは！」その叫びに呼応するように、キョウの額にセレブアイコンが出現。その瞬間、シズノを拘束する結界が消滅した。

登校前、キョウは下駄箱の上に置きっ放しの封筒に気付く。中身は『ゼーガペイン』というゲームソフト。いかぶるキョウだが、遅刻しそうになりソフトをカバンにねじ込んで家を飛び出す。放課後、視聴覚室で水泳部のPRビデオが上映される。水着姿のシズノを見て喜ぶ男子生徒達。その反応に満足し水泳部員の勧誘を始めるキョウだが、誰にも相手にされない。再度、水泳部存続のための厳しい条件を言い渡す生徒会長のシマに、キョウは「あの事バラしていいのか？」と迫るが、シマは気に留めず立ち去る。そこでキョウはリョーコ達に『ゼーガペイン』の事をバラす。だが逆に知らなかったのは自分一人だけで、みんなが知っている事に驚かされる。

メイウー＆メイイェン姉妹の故郷である上海付近を飛行するオケアノス。同じ頃、キョウは高校のプールで、前回の戦闘後、ゼーガペイン・アルティールから降りた際に自分の手首が消えた理由を考えていた。そして「ゼーガペインの戦闘はリアルなヴァーチャルゲームだった」という結論に到達し、飛び込み台からダイブすると、額にセレブアイコンが出現し、キョウはオケアノスに転送されてしまう。折しも会議を終えて現れたシズノに疑問をぶつけると、「キミの知りたいコトは、全てあのゲームに入っているわ」と言われる。早速ゲームを始めるキョウ。一方、メイウーとメイイェンは、上海サーバーからのデータのサルベージをシマに直訴し許される。

シズノが言い残した「これが、現実」という言葉が頭から離れないキョウ。だが、ゼーガペインでの戦闘を現実だとは思えないキョウは、舞浜市での生活の方が本物だと自分に言い聞かせる。折しも、ミズサワのカウンセリングも受けたキョウは、「どちらかが現実なら、もう一方は必ず虚構なの」という彼女の言葉が耳に残る。

現実世界の廃墟の舞浜で対峙するゼーガペイン・アルティールとコブラル。ゼーガペイン・ガルダも合流して戦闘が始まるが、ガルズオルムの目的はゼーガペインから光装甲技術のデータを奪う事だった。それを悟ったルーシェンは戦闘に敗れて大破したガルダを自爆させる。第二のコブラルの参戦によってアルティールは苦戦し、コブラルと相討ちとなった次の瞬間、データを吸収されてしまう。キョウは、負傷したシズノの体がパーティクル化していることに驚愕し、同様にパーティクル化した自分の腕にも気付き慄然とする。だが、キャノピー越しに対峙したコブラルのパイロット・アビスは、生命体である事を誇示するかのように鮮血を滴らせていた。