都内で、遺体に「X」の痕跡を残す殺人事件が発生。刑事の安堂源次は、かつて自身の妻が被害者となった連続殺人と同じ犯人の可能性が高いため捜査から外される。そこで源次は捜査本部には内密に、天才科学者といわれる神保仁に捜査の協力を要請する。