街に出没する黒い魔物の噂が広まっていた。この怪物を捕まえようと、わんぱく探偵団の見習い・チビちんは、近所の家を覗き込む魔物を目撃、団長の小林くんに知らせる。黒い魔物はミドリを誘拐するが、狙いは彼女の父、次郎がインドから持ち帰った秘宝セイロンの涙を取り戻すことだった。
大和自動車の新型"レッドスネーク2000"のスピードテストが行われたがドライバー早川の事故死という悲惨な結果に終わる。試作車2号が完成した喜びも束の間"死神"と名乗る怪人が、その車を頂戴すると予告した。警備にあたる明智と探偵団。小林くんは不審な少年、早川の弟・次郎を捕まえる。
青山墓地で肝試しを開いた探偵団の前に、全身を輝かせた夜光怪人が出現、チビちんに怪我を負わせた。怪人が富豪・杉本の所有する一億円相当の仏像を狙っていると知り、警護にあたる探偵団。しかし仏像は盗まれてしまう。明智小五郎は怪人のトリックを暴き、見事仏像を取り返してみせる。
明智たちの活躍により逮捕された二十面相が収監先の谷原刑務所から脱走した。高名な学者である秋山博士の周辺に、不気味な一本足の幽霊が出没し始める。怪人は博士が持つ原子力ロケットの設計図を狙っていた。厳重な警戒網が敷かれるが、意表をついて博士の娘マリ子が誘拐されてしまう。
何者かが投げ込んだ地図に導かれ房総半島を訪れた明智一家と探偵団。明智の別荘に身をおいた一同は"悪魔島"と呼ばれる無人島の近海へ向かう。そこでは、幕府の軍資金を積んだまま沈んだ"あしびき丸"の引き上げが行われていた。海に入った明智と小林くんは海底で怪物と遭遇する。
上野美術館に現れた二十面相は、"ペルシャの壺"をいただくと宣言した。中村警部が配備した二千人の警官隊による包囲網を、巧妙な手口で突破、まんまと壺を盗み出す二十面相。明智の知略で一度は捕まるが壺もろとも逃走する。チビちんは鞄のなかに隠れて奇岩城に入り込むことに成功する。