天海春香は「アイドルマスター・プロジェクト」のアイドルオーディションに合格し、上京することを決意した。その途中、春香は同じくアイドルオーディションの合格者・萩原雪歩と偶然出会う。初めての東京で春香と雪歩が寮を探す途中、春香は隕石除去人型重機「iDOL」のネーブラが発進するところを目の当たりにする。

アイドルマスターとなる決意を胸に、天海春香は萩原雪歩と玉兎高校へ通い始める。主任の三浦あずさの案内でアイドルチームの面々に挨拶し、モンデンキント基地施設を見て回る春香と雪歩。そして、いよいよパイロットとなるための訓練プログラムが始まった！ いざ訓練が始まると、春香と雪歩の得意分野は正反対。実技の得意な春香は、早速インベル起動にチャレンジするものの、起動テストは思いも寄らぬ方向へ。インベルはコクピットに春香を乗せたまま動かなくなり、春香はコクピットの中に閉じ込められてしまう。その時、基地ではドロップ（隕石）落下の警報が鳴り響く！

インベルの起動から初めての操縦に成功する天海春香。一方、隕石（ドロップ）除去に失敗した水瀬伊織。ドロップ除去の失敗は、初歩的なミスが原因であった。伊織は主任の三浦あずさから基地待機を命じられる。伊織の春香に対する対抗心はますますヒートアップするばかり。そんな中、菊地真の整備士泣かせな操縦でネーブラが傷だらけになってミッションから戻ってくる。iDOLは道具であり、どんな使い方をしてでも任務を成功させるのが最優先だと言い放つ真。伊織はそんな真に我慢ができなくなり、真に決闘（模擬戦闘）を申し込むのだった。

三浦あずさから追試を言い渡された天海春香と萩原雪歩。春香は理論、雪歩は実技。この試験に合格しなければ、アイドルマスターから外されてしまう。二人は秋月律子や水瀬伊織の協力も得て、猛勉強・猛特訓を開始した。しかし、雪歩は、訓練がうまく行かず不安な気持ちのまま試験当日を迎える。基地へ向かう途中、春香は雪歩を元気つけようと再開発地区にあるビルの屋上に一番大事な願いを叶えてくれるというお稲荷さんに誘う。雪歩を連れて屋上を目指す春香。途中壊れた階段を、春香は難なく飛び越えてみせる。失敗を恐れる雪歩。果たして、雪歩は自分の一番の願いを叶える事ができるのか…。

コンビとして絶好調の天海春香と萩原雪歩。ますます自信をつけてゆく春香は、柄にもなく勝負下着を身に着け任務についていた。一方、トゥリアビータの千早とリファは、インベル奪還に再び動き出す。ドロップ（隕石）迎撃のため出撃する春香と真。データー上では、視認できるはずのドロップの姿が見当たらない。同時に司令室のモニターからも次々にドロップ消失の表示が。あずさは、何者かにハッキングを受けていると察知する。その時、司令室との通信が途絶！ 出撃していた春香と真は孤立してしまった。そして、春香とインベルの前に黒い影が現れる…!!