ローマ帝国がユダヤを占拠していた混乱の時代。ナザレの小さな街の職人ヨセフがある日、婚約者のマリアから「神の子を身ごもった」と告げられる。事実を受け入れられないヨセフだったが、苦難の末に、生まれた子・イエスを息子として生涯愛し守り抜くことを誓うのだが。

イエスが生まれてからおよそ30年。洗礼者ヨハネはヘロデ大王の息子アンティパスを含む支配者たちに悔い改めるよう説教をする。しかし、ヨハネはアンティパスの義理の娘サロメとのいさかいにより斬首される。イエスの先駆者としての彼の人生とはいったいどんなものだったのか？

受難の運命を負ったイエスの使命と、息子を守りたい気持ちの間で悩む母マリアと父ヨセフ。そんな中、イエスは母の依頼でカナの婚礼で初めて公の場で奇跡を起こすが、自分自身のみならず家族の命も危険にさらすことに。その後もイエスの行動は有権者らを激怒させ、ますます岐路に立たされる。

信仰を守りたい気持ちとローマの抑圧的な力との間で思い悩むエルサレムの大祭司カイアファだが、イエスが世に与える影響力が増し、「死んだラザロを生き返らせた」という彼の驚くべき奇跡が転機となる。ローマの総督ピラトからの報復を恐れたカイアファは、イエスを止めることを決意するのだが。

聖書最大の謎の一つとされているユダの裏切り。イエスと弟子たちは、過越の祭りのためエルサレムに戻ってくるのだが、イエスの最も親しい友人だったはずのユダが、なぜ突然イエスを裏切ることになったのか？彼らは最後の晩餐を向かえることとなる。

ローマ総督ピラトは、イエスの処遇について決断を迫られる。イエスを処刑すべきだという圧力が高まる中、ある予言的な夢を見たピラトの妻は、翌朝イエスを釈放するよう夫に懇願する。それにより、ピラトはイエスの十字架刑の責任を他の者へ押し付けようとするのだが。