自称「空っぽ」の大学生・杉下啓三は、ヴィレッジヴァンガードで衝撃的な出会いをする。儲け度外視でガラクタに溢れた店、常に行方不明の店長、常識からかけ離れた変人バイトたち。でもそこには、彼の人生に必要な「全て」があった。

まだ新米の杉下（岡山天音）が、文学好き常連さん（森川葵）との出会いでポップ書きに挑戦する！しかし書いたポップは店長（滝藤賢一）に没にされ...。先輩バイトの今中（最上もが）に助けられたり、岩瀬（柏木ひなた）につつかれたりしながら自分の想いをポップに託していく！

文芸棚を作りかえてほしいと頼まれた杉下（岡山天音）とリサ（森川葵）は、途方に暮れる。「ここは遊べる本屋、ヴィレッジヴァンガード」世間の評価ではなく、自分の好きに忠実になっていいお店。自身と向き合ったリサは、本を好きになったきっかけを思い出す。

店長川上（滝藤賢一）からグッズの仕入れを頼まれた山本（本多力）は、激辛唐辛子を使った死神チョコで勝負をかける。岩瀬（柏木ひなた）のセンスを信じ、ゾンビに扮した今中（最上もが）とリサ（森川葵）の手も借りてセットで実演販売したところ...。

杉下（岡山天音）やリサ（森川葵）などみんなで棚卸しを敢行したところ、不明のロス金額が前代未聞の数字となり動揺する一同！そして全員で万引き対策に熱を入れた結果、お店からお客さんがいなくなってしまった。想いを吐露する今中（最上もが）だったが、万引き騒動は意外な幕切れに...

売り上げ不振について指摘される店長川上（滝藤賢一）。このまま改善しないと店長交代...それならばいっそのことこの店を川上色に染めてしまうことに！川上のセンスが発揮された商品の数々が店頭に並ぶが、客足は変わらず...。このまま川上はヴィレヴァンを去ってしまうのか！？