光の巨人へと姿を変えた我夢によって、コッヴは倒された。だがコッヴの出現は、地球に迫る最大の危機への序章に過ぎないのだろうか? それを予感させるように、コッヴの出現ポイントから新たな怪獣ギールが出現、人々を恐怖に陥れる。防衛チームXIGの一員となった我夢は、再び光の巨人へと姿を変え、ギールに立ち向かう!

地球が遣わした存在として、“ウルトラマンガイア” と名付けられた光の巨人。一方、未知の飛行物体がG.U.A.R.D.ヨーロッパの警戒網に突入、我夢も前線に赴く。砂漠の地で苦戦を強いられるガイア。だがその危機を救ったのは、もう一人のウルトラマンだった! 果たして彼は敵か、それとも味方か?

XIGへ入隊したことを両親に報告するため、実家のある千葉へと帰郷することになった我夢。だがそこへ、大海魔ボクラグが上陸する。故郷を守るため、ガイアに変身しようとする我夢の前に立ちはだかる一人の男。まばゆい光と共に、男はウルトラマンに変身した。そう、彼こそがもう一人のウルトラマン、藤宮博也だったのだ!

チーム･ライトニングとチーム･ファルコンの合同演習中、彼らは山脈で巨大な眼球を発見する。対応に躊躇した我夢だったが、恐怖心の結果、攻撃開始という判断を下し、負傷者を出してしまう。やがて眼球は四肢を備え幕田市に進撃、街を破壊する。あざ笑う眼球に対し、XIGは、そして我夢は、どう立ち向かうのか!?