ウルトラマンネクサス

レスキュー隊員の狐門一輝は少年時代のトラウマのために苦悩していた。ある日突然、TLTなる組織に配属される。世界規模の非公開特務防衛機関がなぜ自分を必要とするのかをわからないまま、狐門は任地に向かう。そこで彼は、信じられない光景を目にする…！

孤門は、人知れず人間を襲うスペースビーストと戦う特殊部隊･ナイトレイダーの一員に加わることになった。激しく変わる日常に戸惑う中、再び戦場でスペースビーストのペドレオンに遭遇した孤門は危機に陥るが、それを救ったのは銀色の巨人だった!

ペドレオンを追って巨人は消えた。巨人の存在に、TLT上層部は疑念を抱いていた。巨人は敵か味方か? 巨人に救われた孤門には彼が敵とは思えずにいるが、その考えは甘いと副隊長の凪に一喝される。そして、孤門と凪を救った青年･姫矢とは何者なのか?

完成した新型のクロムチェスターでペドレオン掃討のためのミッションを遂行するナイトレイダー。しかし、ペドレオンは自己進化を遂げており、クロムチェスターの攻撃にもひるまない。その時現れた巨人はビーストを亜空間に閉じ込め、闘いを挑んだ!

突如天空から飛来した謎の石柩･ストーンフリューゲルに姫矢は収容され、虚空に消えた。孤門は、姫矢が勤めていた新聞社を探し当てる。そこで孤門は、姫矢の同僚だった作久田から、セラという異国の少女の死が彼の深い心の傷となっていることを聞かされた。