ウルトラマントレギアとニュージェネレーションヒーロー達の壮絶な戦いの中で、ウルトラマンタロウの息子･若き勇者ウルトラマンタイガたちはトレギアの攻撃を受け光となって宇宙に消えた…。それから12年。宇宙人が密かに暮らしている地球で、民間警備組織E.G.I.S.(イージス) のメンバーとして働く工藤ヒロユキは、任務中に宇宙人がらみの事件に巻き込まれてしまう。そして目の前に現れる最凶獣ヘルベロスと様々な怪獣たち。その時、ヒロユキの中に眠る光の勇者が目覚めた!!

ヒロユキが子供の頃に心を通わせた小さな怪獣･チビスケ。だが、ヒロユキに残るチビスケの最後の記憶は宇宙人に連れ去られていく姿だった…。時が経ち、成長したヒロユキはチビスケと意外な形で再会することになる。宇宙人たちの間で行われる怪獣兵器のオークション。そしてその裏で蠢く闇の影。果たしてヒロユキは、そしてタイガはチビスケを救い出すことができるのか!?

新進気鋭のベンチャー企業「コズモテクニカ」の社長に届けられた殺害予告。それは不幸な事故で死んだはずの宇宙飛行士･九条レントからだった!? コズモテクニカ社長の護衛任務についたヒロユキとホマレは事故の真相、そしてその裏にある悲しい物語を目の当たりにする。九条レントが冷たい機械の怪物に姿を変える時、空の彼方から力の賢者が帰って来る!

宇宙人事件を専門に扱う警察内の組織･外事X課からE.G.I.S.に持ち込まれた新たな依頼。ヴィラン･ギルドと呼ばれる宇宙人グループが、都市に“怪獣爆弾”を仕掛けたというのだ。首謀者の姿に見覚えのあったホマレは、単身で犯行グループの元に向かう。果たしてホマレと首謀者の関係は? 怪獣爆弾の起動まで残りあと僅か!! トライスクワッド最後のヒーローが姿を現す!

時空を股にかけるヒットマン、ガピヤ星人アベルが地球に飛来する! 彼はある人物からの依頼を受けてウルトラマン、つまりタイガを倒しにやってきたのだ。だが、アベルが地球で最初に出会った男、それは自らも宇宙人だと主張する変な男だった!? カナが男を助けたことにより、アベルの魔の手からの逃避行が始まる!! 男が待つ「円盤」は本当にやってくるのだろうか?