サタンガンダムと名乗る者によって支配されようとしているラクロア王国。突如、この地に現れたガンダムは、モンスターに襲われるラクロアのフラウ姫を救い、レビル王から騎士（ナイト）の称号を授かった。さらに、伝説の神器について記された石版のかけらを預かった騎士ガンダムは、僧侶ガンダンク、戦士ガンキャノン、騎士アムロと共に魔王サタンガンダムを倒す旅に出るのだった。

ラクロアへと戻った騎士ガンダムたちは、破壊し尽くされた町を見ることになる。レビル王から、伝説の巨人によって破壊されたことを知った騎士ガンダムたちは、巨人を倒すため、巨人の魂を代々守り続けているルフォイの星を探す旅へと出る。しかし、騎士ガンダムたちがルフォイの星・サラサを探し当てた時には、巨人の魂である水晶玉は、赤い騎士によって奪い去られた後だった……。

自らの未熟さを知り、一人修行の旅に出た騎士アムロは、ムンゾ帝国と戦争状態にあるアルガス王国を訪れる。ムンゾ帝国に邪悪なものを感じたアムロは、アルガス王国のために戦うことを申し出る。騎士アレックスが捕らえられてしまったため、息の合わないアルガス騎士団であったが、アムロの言葉が彼等の忘れていた団結を思い出させる。はたしてアムロは、アルガス騎士団と共にムンゾに潜むジオンを倒すことができるのか？

ラクロアを救った数々の功績からバーサル騎士（ナイト）の称号を授かったガンダム。そこへ、騎士アムロがアルガス騎士団を引き連れ帰還する。その時、騎士アレックスの持つ導きの竪琴（ハープ）がフラウ姫に反応し、バーサル騎士ガンダムたちはラクロアの上空へと導かれていく。そこは、ジオン族を影で操っていたジークジオンの支配するムーア界。バーサル騎士ガンダムは、諸悪の根源ジークジオンを倒すことができるのか!?

人間族とモビルスーツ族が仲良く暮らす「スダ・ドアカ・ワールド」。サタンガンダムと騎士ガンダムが天空に去って平和な日々が続いた。しかし、新たなる悪の組織ネオジオンが大量の機兵を駆ってダバード王国に侵攻してきたのだ。彼らの目的は手に入れた者が世界を手に入れる「聖機兵ガンレックス」と「聖機兵ルーンレックス」だった。