ガッチャマン。超科学を持つ宇宙人に力を与えられ、人間を害する異星犯罪者や未確認物体を秘密裏に処理する影のエージェント達。2015年初夏、立川「CAGE」所属のガッチャマンに、文具好きの女子高生・一ノ瀬はじめが新たなメンバーとして加わる。自由奔放で型破りなはじめは、任務に倦んでいるメンバーに新風を吹き込んでいく。

駆除対象である未確認物体･MESSへの攻撃を邪魔したはじめに納得がいかない清音。清音は自分の常識や想像を軽々と越えて行くはじめの行動に振り回される中、感情的に是非を決めつけず、色々な角度から物事を捉えるはじめの考え方に触れていく。一方、自身の快楽の為に人間を相争わせて喜ぶ謎の怪人が暗躍を始める。

巨大SNS･GALAXと人工知能･総裁Xを作り出し、世界をアップデートするべく様々な活動を続けている才人･爾乃美家累。累は総裁Xの情報収集能力とマッチング機能を使ってあらゆる問題に介入し、人々が前向きに解決出来る様導いている。そんなある日、人間の力では対処不可能な事態が発生し、累は禁忌の力を行使する決断を迫られる。

人々の間にGALAXの有用性が着実に浸透しつつある事に反して、累はもっと直接的な手段で世界を加速させたいという衝動に苛まれる。ガッチャマン達は新たに表面化した脅威への対処について意見が分かれ、心を合わせる事が出来ない。そんな中、謎の怪人が累の目の前で凶悪な事件を起こし、人々が傷ついていく様を見せつける。

累が下した苦渋の決断をきっかけに、累の理想に従う者達の間に不協和音が生まれ始める。一方、はじめ･清音･丈･うつつの四人は大勢の人間が重傷を負う大事故の現場に偶然居合わせる。人々がGALAXの力を借りて事態の収拾に奔走する中、はじめは救助活動をする謎の存在とその存在を指揮する美しい人物と運命的な出会いを果たす。

はじめのしでかした行為に騒然となる世間、激怒するパイマン、呆れる仲間たち。しかしはじめはどこ吹く風と自分のペースを崩さない。そんな折、はじめのスマホにLOADを名乗る人物から招待状が届く。GALAXと人々の導きにより、様々な障害をくぐり抜け邂逅するはじめとLOAD。LOADははじめに己の目的と、理想とする世界の姿を語る。