ガッチャマン。超科学を持つ宇宙人に力を与えられ、人間を害する異星犯罪者や未確認物体を秘密裏に処理する影のエージェント達。2015年初夏、立川「CAGE」所属のガッチャマンに、文具好きの女子高生・一ノ瀬はじめが新たなメンバーとして加わる。自由奔放で型破りなはじめは、任務に倦んでいるメンバーに新風を吹き込んでいく。

駆除対象である未確認物体･MESSへの攻撃を邪魔したはじめに納得がいかない清音。清音は自分の常識や想像を軽々と越えて行くはじめの行動に振り回される中、感情的に是非を決めつけず、色々な角度から物事を捉えるはじめの考え方に触れていく。一方、自身の快楽の為に人間を相争わせて喜ぶ謎の怪人が暗躍を始める。

人々の間にGALAXの有用性が着実に浸透しつつある事に反して、累はもっと直接的な手段で世界を加速させたいという衝動に苛まれる。ガッチャマン達は新たに表面化した脅威への対処について意見が分かれ、心を合わせる事が出来ない。そんな中、謎の怪人が累の目の前で凶悪な事件を起こし、人々が傷ついていく様を見せつける。

はじめのしでかした行為に騒然となる世間、激怒するパイマン、呆れる仲間たち。しかしはじめはどこ吹く風と自分のペースを崩さない。そんな折、はじめのスマホにLOADを名乗る人物から招待状が届く。GALAXと人々の導きにより、様々な障害をくぐり抜け邂逅するはじめとLOAD。LOADははじめに己の目的と、理想とする世界の姿を語る。