何処より現れし人類の天敵、其れはいつしか”幻獣”と呼ばれていた。5121部隊はPBEによるブレイン殲滅作戦のため出撃する。主人公速水の窮地を救ったHWTのパイロットの正体は？

5121部隊に新たに配属となったHWTパイロット“芝村舞”。素性はさておき、美少女ということで瀬戸口はさっそくナンパのターゲットにするが…。

夏、花火大会、そして死んだ戦友の初盆。5121部隊の一時の休息。茜大介が戦場で散ったあの日をフラッシュバックする。

5121部隊に新戦力の複座型HWTが導入される。複座ということで誰と誰がペアを組むのか話題になるのだが…。

5121部隊に降りかかった痛恨事。それは…。尚敬高校の文化祭当日。人形劇を披露しようとする5121部隊に出撃命令。急ぎ出撃する速水たちだが、中型幻獣のミノタウロスの群の前に苦戦を強いられる。

戦闘の最中、友軍救出に向かう速水と舞。しかしブレイン幻獣撃破の全波を浴び動けなくなってしまった。戦場へ取り残された2人は…。