175キロもの距離を歩き、バックパック一つで三嶋崎へと引っ越してきた青年、風見雄二。そんな浮き世離れした彼の願い――それは『普通の学園に入って、普通の学生生活が送りたい』というものだった。知人の橘千鶴によってその願いは叶えられ、雄二は彼女が学園長を務める私立美浜学園に通うこととなる。高い塀に囲まれ、通う学生は5人だけという“普通の学校”にやって来た雄二が出会ったのは、一癖も二癖もある少女達だった。

最初は雄二のことを怖がって、天音の後ろに隠れていた蒔菜だが、次第に心を開き、雄二に懐き始める。クラスメイト達が雄二と親睦を深める中、ただ一人、由美子だけは彼のことを未だに警戒していた。時にカッターで斬りかかってくる由美子を、持ち前の身体能力で難なく交わす雄二は、彼女と距離を縮めようと冗談を言うが、むしろ逆に怒らせてしまう。なぜ由美子はそこまで自分を敵視するのか？ その疑問を解決するため、雄二は千鶴のもとを訪れる。

クラスメイトとの賑やかな時間を過ごしていたある日、天音が体育の時間に足を捻挫してしまう。美浜学園には保健医が在籍していないということもあり、前にいた学校で応急救護を習った雄二が治療を行うことに。雄二が治療していると、天音が突然、「私の彼氏になってよ」と告白してくる。あまりにも突然の告白に、雄二は天音が自分のことをからかっていると判断するが、そんな雄二の態度に、天音は「彼氏がダメなら、お姉ちゃんになってあげるよ」と言ってくるのだった。

雄二が日課の早朝ランニングをこなしていると、海の見渡せる高台へと続く道を歩いていたみちるの姿を目撃する。ふと気になって後を追うと、そこで雄二は普段のかしましさとは真逆のアンニュイな一面を見せるみちるに、「人って死んだらどうなるの?」と投げかけられる。その言葉がずっと胸の中で引っかかっていた雄二は、再び高台でみちるを見かける。そこで会ったみちるに何か妙な違和感を覚えた雄二は、彼女に問いかける。「オマエは誰だ?」と。

ニャンメルを失った現実から逃れるようにして、衝動的な行動に走るみちる。しかし、いち早く彼女を見つけた雄二の手によって事なきを得るのだった。翌朝、昨日の出来事が嘘であるかのように、明るく振る舞うみちるの姿がそこにはあった。いつものとおりのツンデレでお馬鹿なみちる……。だが、ひとり雄二だけは、みちるの言動の裏に違和感を覚えていた。そんな折、雄二は、幸からとある箱の扱いについての相談を受ける。聞けばその箱は、以前みちるから預かって以来、返却も話題に出すことも禁じられたという。その中身に興味を持った雄二は……。

美浜学園の理事長である榊道昭は、その権力を行使しJBを自らのもとに呼び出す。榊家の跡目を継ぐべき娘──由美子を更正させるためだけに作った学園が、その役目を果たしていないことに業を煮やし、彼女の「会社」の力を借りることを決意したのだ。道昭の依頼を受け、雄二を由美子の護衛に付けるJB。しかしそれは、由美子の身を護るための「任務」ではなかった。任務の裏にある道昭の意図、そして由美子が心の内に秘めたの真の想いと、彼女の背負った十字架の正体を知った時、雄二は誰もが予想しなかった行動を起こす。