父の転勤で高校入学と同時に一人暮らしを始めることになった里見孝太郎。見つけた物件は《ころな荘106号室》。家賃5000円、いわくつきの格安物件だ。その晩、孝太郎の前に“幽霊”の東本願早苗が現れ先住権を主張、孝太郎を部屋から追い出そうとする！ すると窓を突き破り“コスプレイヤー”が乱入！ さらに畳の下からは“地底人”、壁の中から“異星人”が!? 次々と現れる可愛い侵略者たちと、孝太郎との壮絶な（？）闘いの火蓋が今切られた!?

《ころな荘》の大家・静香から突き付けられた「ころな陸戦規定」を前に考えをめぐらせる侵略者たち。孝太郎は入学式当日に入部した「編み物研究会」に通い、会長・桜庭晴海に編み物を教わる吉祥春風高校生活を心のオアシスとしていた。しかし時期外れの転入生が4名現れて…。——あの手この手を使ってついに高校生活にも侵略開始!?

六畳間をめぐる攻防、その新たな線上に選ばれたのは《部活対抗障害物マラソン》！ 孝太郎は「編み物研」として晴海＆早苗と一緒に出場、ティアとキリハは配下を従え準備万端、しかも裏で何かを画策しているようで…!? コスプレ研究会の魔の手にかかった【自称】魔法少女ゆりかも泣く泣く競技に出場し、対決は思わぬ結末を迎えることに——!?

商店街の福引で、海辺の温泉宿の宿泊券を手に入れた一行は、106号室の攻防戦を一時休戦。真夏のバカンスに繰り出すことに。浮かれる一同は水着ショップを訪れるが、早苗は楽しいだけではない様子…。孝太郎は偶然避暑に訪れていた桜庭晴海となんだか良い雰囲気に。ところが、はしゃぐ美女軍団に怪しげな影が忍び寄っていて——!?

「俺たちは敵同士」——孝太郎の言葉にショックを受けた早苗は一人、宿を飛び出すがゴーストハンターに囚われてしまう！ ゆりかの目撃情報を頼りに、早苗救出のため立ち上がった一同は、敵のアジトに殴り込むが…。その頃、女悪霊に心を見透かされた早苗はさらなる疑心暗鬼に陥っていた。果たして悪霊たちの目的とは？ 孝太郎が出した切り札とは——!?

文化祭直前、演目の決まらない演劇部を助けるべく、孝太郎たちは侵略ポイントをかけたシナリオ対決をすることに。僅差ながら見事採用されたのはティアが執筆した『白銀の姫と青い騎士』。主演の姫役に抜擢された桜庭晴海は、誰もが目を奪われる意外な才能を見せる。晴海の稽古相手を務める孝太郎に、ティアは本物の青騎士が重なって見えていた…。一方、ゆりかは六畳間にあるものを持ち込んでいた…波乱が起きる予感!?