ブリタニア帝国の属領となり、エリア11と呼ばれる日本。ブリタニア人の学校、アッシュフォード学園に通うルルーシュは、シンジュクゲットーでテロリストとブリタニア軍の戦いに巻き込まれ、ブリタニア軍に所属する旧友の枢木スザクと再会する。だが二人の前にある少女が現れ悲劇は起きた。ブリタニア軍から少女とルルーシュを庇おうとしたスザクが、銃で撃たれてしまったのだ。悲嘆するルルーシュに、少女はある能力を授ける。

シンジュクゲットーに現れたテロリストの中に、アッシュフォード学園の生徒であるカレンの姿があった。カレンたちをブリタニア軍の包囲網から逃そうとするルルーシュ。謎の少女から授かった能力を使ってブリタニア軍のナイトメアを奪い、カレンたちに指示を与えていく。そこに、見慣れぬ嚮導兵器ランスロットが現れる。他の機体と違い、戦闘能力の高いランスロット。搭乗しているのは、先の地下鉄構内で撃たれたスザクだった。

第三皇子クロヴィスのもとからアッシュフォード学園に戻ったルルーシュ。そこでルルーシュと対面したカレンは、先の戦闘で自分たちを指揮した声の主が彼ではないかと疑っていた。そんな彼女に対してルルーシュは、ギアスの力で欺くことに成功する。その頃、クロヴィス皇子殺害の犯人として、スザクが捕らえられていた。

シンジュクゲットーで窮地から救ってくれた謎の男と再会を果たすカレン。ゼロと名乗るその男の正体は、ルルーシュだった。ゼロはカレンたち数名の力を借りて、クロヴィス皇子殺害容疑で軍事法廷に向かうスザクを救おうとする。大勢のブリタニア人が見守る中、自らがクロヴィス皇子殺害の犯人であると名乗り出るゼロ。謎の少女から与えられた力でスザクを解放させる。だが、スザクはそれを拒み軍事法廷へ向かうと言う。

ゼロを捕らえるため本格的に動き出すブリタニア軍。その頃、ルルーシュはアッシュフォード学園内の自室で、C.C.と再会する。彼女はルルーシュにギアスという不思議な能力を与えた少女だった。当惑するルルーシュを気にも留めず、C.C.はルルーシュの自室に居座ってしまう。一方、釈放されたスザクはユフィという女性に出会う。ユフィをシンジュクゲットーに案内したスザクは、そこでブリタニア軍純血派同士の戦闘に巻き込まれる。

アッシュフォード学園にスザクが転入してきた。生きて再会を果たすことができたルルーシュとスザク。だが、クロヴィス皇子殺害の容疑者であったスザクを、ブリタニア人のクラスメイトたちは歓迎しない。そのような中、ルルーシュの身に一大事が起きる。自室に隠し持っていたゼロの仮面を奪われてしまったのだ。犯人を追うルルーシュ。その動きを怪しんだミレイたち生徒会メンバーは、全校生徒を総動員して犯人探しをする。