クリスマスも近い巴里。大神が日本に帰国してしまい、隊長不在ながらも穏やかな日々を過ごしている巴里花組。そんな巴里に墓荒らしの被害が続出。そのパトロールのため、夜の墓場を訪れた花火とコクリコの前に、突然、花火の父・正道が姿を現した。巴里華撃団の任務は機密事項。肉親といえども話すわけにはいかない。花火をかばうためにとっさにコクリコが「巴里華撃団というのはサーカスなんだよ！」と言ってしまい、巴里花組が一夜だけサーカスを演じることに。しかし、そのサーカス会場には怪しい影が忍び寄っていた…。

グラン・マの留守中にシャノワールで盗難事件発生！ 英国貴族の家宝「ロイヤル・クロック」が、メル＆シーの管理するクロークから盗まれてしまったのだ。警察の強制捜査を主張する英国貴族。そんなことをされては巴里華撃団の秘密がバレてしまう！ 何とかしなくてはと焦るメル＆シー。盗難事件の際に見かけた怪しい男を街で発見すると、そのまま追跡を始める。ところがなんと、男は巴里華撃団の正体を探る諜報部員だった。そうとは知らないメル＆シーは、彼等のアジトに忍び込むのだが…。果たして、メル＆シーの運命は!!

ある日、日本から届いた一通の手紙。「…隊長を中心に、一丸となって、巴里の平和を守ってくれ」それは日本に帰国した大神一郎からの手紙だった。大神の後任の決まらない巴里華撃団では、これをきっかけに「隊長問題」が再燃してしまう。一方、錬金術を操り謎の怪物を創り出したトゥールネル伯爵は、巴里の街を壊滅させるため、闇の力をエッフェル塔へと注ぐ。恐るべき怪物と化したエッフェル塔が巴里の街に破壊の雨を撒き散らす。隊長なき巴里華撃団は、巴里の街を守ることができるのか？