ジャンバ博士の宇宙スクーターで暴走遊びをしていたスティッチは追っ手をかわすうち、勢い余って宇宙嵐に巻き込まれてしまう。

「イチャリバチョーデー （一度会ったらみな兄弟）」の心で、スティッチを受け入れ、一緒に暮らすことにしたユウナとオバア。島に伝わる「ちたまの石」の話を聞いたスティッチは、宇宙で一番強くなるという願いを叶えてもらうため、43のイイコトをすることに。しかし、イイコトとワルイコトの違いが分からないスティッチは失敗ばかり。 一方、スティッチを追って宇宙嵐に巻き込まれたジャンバ博士は、漂流した惑星で盟友プリークリーに再会していた。そしてスティッチの居場所を突き止めた二人もイザヨイ島を目指すのだった。

ジャンバ博士に作ってもらったイイコトカウンターを腕につけ、今日もイイコトを探すスティッチ。 ユウナと一緒に、島で一番強い妖怪”キジムナー”に会いに行くことにした。しかし、オバアに教えられて向かったガジュマルの樹には、タチッチュという別の妖怪が住んでいた。タチッチュはキジムナーを相撲の勝負で打ち負かしてこの家を手に入れたのだと言う。だが、しばらくして二人の前に現われたキジムナーは、臆病で小さな赤い毛玉の妖怪だった。キジムナーから、タチッチュが反則で勝ったことを知ったスティッチは、キジムナーを応援しようと、もう一度勝負を持ちかける。

図工の時間にピーコの描いた自分の似顔絵に腹を立て、家に帰ってもむくれているユウナ。なんとかユウナを笑わせようとスティッチは一生懸命だが、なかなか機嫌は直らない。 一方、森ではペイント妖怪”むうん”の絵を楽しみに妖怪たちが集まっている。絵が実体化する不思議な筆を持っている むうんだったが、実は絵を描くのに飽きていて、筆を振り回していると飛んでいってしまった！が、気力のない むうんは、探しに行こうともせず放っておいてしまう。 次の朝、ユウナとケンカをしてしまったスティッチは、浜辺でその筆を拾い・・・。

宇宙空間に浮かぶ研究所で、イザヨイ島のスティッチたちの様子を偵察していたハムスターヴィール博士は、イイコトカウンターを手に入れれば宇宙一の力が手に入ると思い込む。そこで捕獲しておいた黄色の宇宙生命体に、自分の命令に従う「悪い子カチューシャ」を装着し、スティッチからイイコトカウンターを奪うよう命ずる。 やがて謎の”オバケ”の襲来でイザヨイ島に大パニックが巻き起こる。騒ぎを聞きつけたユウナとスティッチは、意気込んでオバケ退治に乗り出すが、そのオバケがスティッチの”イトコ”だったことに気づき．．．。

もうすぐオバアの誕生日。二人で風鈴を作ってプレゼントしようと思いつくユウナとスティッチ。 そこへスティッチの居場所を聞きつけた、ガールフレンドのエンジェルがイザヨイ島にやってくる。嬉しくなったユウナはエンジェルと仲良くしようとするものの、どうもうまが合わない。おまけにエンジェルに夢中のスティッチは、オバアのプレゼントなんてすっかり忘れた様子。怒ったユウナは一人で風鈴作りを始めてしまう。 そんな中、エンジェルの歌を聞いたスティッチがなぜか突然悪い子に豹変、大暴れしてしまう。