月臣学園屋上。鳴海歩は、ぼんやりとあの日の事を思い出していた。「ブレード・チルドレンの謎を追う。」 そういい残して姿を消した兄・清隆。失踪してから2年…。その時聞こえる悲鳴。階段の踊り場から、少女が転落する事件が発生したのだ。少女の名前は、白長谷小夜子。彼女は4階の踊り場より転落したものであるらしい。真下に停まっていたトラックがクッションとなり、奇跡的に一命をとりとめていた。現場には、被害者のものらしい眼鏡の破片が散らばっていた。事件の目撃者、月臣学園教師、園部隆司の証言により歩が重要参考人として調べを受けることに…汚名をはらすべく事件の真相を探る歩がたどり着いた答えは、眼鏡にあった…。

何者かに襲われ重傷を負い、ベッドに横たわる園部。混濁した意識の中で、うわ言をつぶやく。「死の聖樹館…」と…。同時刻、ある場所で女性が殺されていた。その傍らに残された、渦巻きのようなダイインググメッセージ―。殺人現場は白長谷家図書室。別名、「死の聖樹館」。事件当時、図書室はウォード錠という特殊な鍵がかけられており、外部から開けることが不可能な状態であった。そしてその時、屋敷内にいた人物は屋敷の主人・白長谷雷蔵、雷蔵の孫・白長谷小夜子、雷蔵の姪・白長谷圭、使用人・初山レイ子の4人。屋敷のセキュリティーシステムから考察して外部の犯行は考えられず、捜査はこの4人を容疑者として進められる…。

ブレード・チルドレンにつながる唯一の存在、園部隆司が殺害された。うつぶせで息絶えていた園部の周囲には、まるで死者への手向けのようにアヤメの花が舞いちっていた…。園部殺害により、兄につながる手がかりを失った歩の前に、自らブレード・チルドレンと名乗る少年、浅月香介が現れる。彼は、歩にゲームを持ちかけ、もし勝つことができれば、「ブレード・チルドレンとは何か」その全てを教えてやると持ちかける。香介はさらに、歩がスズメバチに対するアナフィラキシーであることを言い当て、兄・清隆の存在をちらつかせる。激しく逡巡する歩。全ての謎を解くため、命を懸けたゲームが今、始まる。

ブレード・チルドレンについて何一つ手がかりを見出せず焦燥感にかられる歩。そんな彼の前に、月臣学園教師、今里が現れる。彼はブレード・チルドレンに関する情報提供をほのめかし、そして既に自体は歩の意思に関係なく彼を中心に様々な人間の様々な思惑によって大きく動き始めている事を告げる。さらに深みに引きずり込まれていく、その不安な感じにとらわれながらもこれまでに起こった不可解な事件の真相に迫るべく今里に会うことを決意する歩。しかしそんな歩をあざ笑うかのように、やっとつかんだ一筋の糸は断ち切られる。彼の目にしたものは、学園内で無残に殺害された、今里の姿であった…。

月臣学園教師、今里が殺害された。死の間際、彼が歩に残した言葉。「ブレード・チルドレンに関して話がある。聞く気があるかい？」。しかし今里はそれを歩に話すことなく、何者かによって殺害されてしまった。ブレード・チルドレンの犯行だと確信した歩は、彼らを捕らえるべく包囲網を敷く。犯行時刻は午前四時過ぎ。犯人は月臣学園生徒でその時間にこの場所に近づけたもの。身長は150センチ以下。靴のサイズは22センチ。性別は女。ひよのと共に、データを頼りに犯人の絞込みを進める歩。そして最後の決め手となる決定的証拠は、ブレード・チルドレン達に見られる身体的特徴。それは、右の第7肋骨の欠如。こうして歩たちが犯人を少しずつ追い詰めていく中、ブレード・チルドレンの一人、竹内理緒はその包囲網を打ち破るべく、自らの命を賭けた行動に出ようとしていた…。