「邪神の器」である自分の身代わりに、響子が邪精霊に連れ去られたことにショックを隠せない翔子。アテナの侍女で身辺を警護する「女子」のまま聖闘士となることを許された「特別な存在」を知った翔子は、自身が強くなり姉を救いたいという思いから、その「聖闘少女」になることを決意。沙織は白銀聖闘士パーヴォのマユラに翔子の修行を託すが…。一方、聖域のミロとアイオリアは、邪神エリスの不穏な動きを感じていた。

邪神エリスの配下である邪精霊、マリス（悪意）のエモニ、マーダー（殺戮）のフォノスが、アテナの首を取りエリスに捧げようと沙織を急襲。「出来損ないの神様」と沙織を罵倒するエモニに、美衣は立ち向かう。マユラとの修行で燃え上がる翔子の小宇宙。聖衣箱の異変からアテナの危機を察知した翔子は、果たして、沙織を救うことはできるのか…!?

逃げ去るフォノスを追い、エリスの神殿に乗り込むことに成功した翔子。姉・響子を救うため神殿を捜索するなか、アテに衝撃の事実を告げられる。愕然とした翔子の隙をつき激しい攻撃が降りかかったその時、黄金の閃光が翔子を包みこむ――！ 翔子に加勢する為、エリス神殿へと向かった美衣、そして沙織も合流するが、そこで少女たちが目の当たりにしたのは、変わり果てた響子の姿だった。

エリス神殿での闘いで、響子の小宇宙は消えた。邪神を討つために彼女を救えなかった自身の存在意義に心揺れる沙織。しかし城戸光政の遺志を継ぎ、「銀河戦争」は無情にも始まってしまう。一方、闘いで負傷した翔子は沙織から別れを告げられ納得が行かず落ち込む中、姉にもらったペガサスのペンダントを落としてしまう。拾ってくれた少年は、「銀河戦争」に参戦する、ペガサスの星矢だった。

教皇への忠誠を誓う冠座のカティアらに聖域への反逆を疑われ、襲われた沙織たち。翔子は、新たな聖闘少女・こぐま座のシャオリンらと共に闘うが苦戦。駆け付けたマユラらに危機から救われた。しかしその最中、沙織はアフロディーテの手により、聖域の教皇のもとへと連れ去られてしまう。アテナを前に教皇は、涙ながらに思いがけない願いを沙織に吐露するのだが… 一方不甲斐ない自分に落ち込む翔子たち。そこに鷲座の魔鈴が現れて――？