神戸の街に突如、謎の軍隊が現れる。街に非常事態宣言が出される中、各所でゼクスとゼクスを操る人間たち同士の激しい戦闘が始まった。そんな中、高校生の天王寺飛鳥がパートナーのゼクスであるフィエリテと共に、愛する神戸の街を守る為、進軍中の軍隊に突っ込んでいく。

空から降ってきた天使を執拗に狙う、黒のゼクス、ズィーガーとそのパートナーである上柚木綾瀬。飛鳥は天使を懸命に助け出そうとするが、そのために飛鳥自身が命の危険に晒されてしまう。もう駄目かと思われたその時、飛鳥の脳裏に昼間出会った不思議な少女の声が響き渡る。

上柚木綾瀬とズィーガーの繰り出す激しい攻撃に晒される天王子飛鳥とフィエリテ。飛鳥はゼクスとの戦闘経験が無いため、百戦錬磨である綾瀬とズィーガーのコンビに全く歯が立たない。絶体絶命のピンチと思われたその時、美しい女性の姿をしたバトルドレスが現れて、飛鳥とフィエリテに加勢する。

突然、飛鳥たちの前に現れた、白の世界の天使十二使徒 宝瓶宮ガムビエル。しかし仲間であるはずの天使の来訪にも関わらずフェイリテは動揺を隠せない。一方、ガムビエルと違う隊の天使たちが通称エンジェルキラーと呼ばれ、天使たちを狩る黒のゼクスと、そのパートナーである少女を血眼になって探していた。

カフェ・ブロコロにバイトに来た飛鳥は、今日が藍那の誕生日だと知って、ここにいるメンバーでケーキを作ろうと提案する。ただ綾瀬やあづみをはじめ、みんなケーキどころか料理もしたことがない者たちばかり。ブロコロのキッチンは、てんてこまいの大混乱に見舞われる。その一方、そんな彼らを見つめる不気味な視線があった…。

隊員として所属していた東北の防衛隊の基地を脱出し、命からがら九州は福岡の地へとたどり着いた青葉千歳とそのパートナーのゼクス、龍膽。九州の地で彼女たち二人が目にしたのは、ゼクスと人間が手を取り合って暮らす理想郷だった。千歳と龍膽はその地で倉敷世羅という少女と出会う。