ゾイドに憧れる少年アラシは森の中で、窮地に追い込まれた。そこへ現れ、アラシを助けたのは、ゾイドに乗って世界を旅するシュプリーム団のリーダー・ベーコンだった。彼らの目的は、ゾイドの王と呼ばれるワイルドライガー。再び森に入ったアラシは、その伝説のライオン種ワイルドライガーと遭遇する！

ワイルドブラストしたアラシとワイルドライガーはデスメタルを撃破した。だが直後、ワイルドライガーから拒まれ戸惑う。アラシは認めてもらうため、様々な方法でワイルドライガーにアタックするが一蹴されてしまう。見かねたベーコンがゾイドとの向き合い方を教える。そんな時デスメタルが再び村を襲ってきた。

ワイルドライガーと相棒になれたアラシ。だがベーコンはワイルドブラストに頼った戦い方をするアラシに危険を感じ、特訓することに…。ゾイドの特性を理解し、ワイルドライガーと一体になるため厳しい特訓を積んでいくアラシ。

旅の途中、空腹が限界に達し行き倒れてしまうアラシ。そんな彼を助けたのはなんとデスメタル遊撃隊！ しかも、彼らの目的は“ワイルドライガーの捕獲”だった。目的を知ったアラシは正体がばれる前に逃げ出そうとするが、そこへデスメタル四天王のひとり“瞬撃のドレイク”が現れる。

古大秘宝Zの噂を聞いて、森に入ったアラシ。そこで出会ったのは、サソリ種のゾイド・スコーピアに乗ったペンネだった。彼女もまたお宝を探していた。お宝をめぐり、はじめは敵対していた二人だが、徐々に打ち解けていく。そして森の奥にある洞窟で、月の光に照らされて輝くお宝を見つけるが…

空腹で倒れたアラシはテンガロ村の村長トッハに助けられる。トッハからの頼みで、ゾイド同士が戦う「ゾイド祭」にテンガロ村の代表として出場することになる。しかし、となり村代表としてアラシとワイルドライガーの前に立ちふさがったのは、クロアメとグラキオサウルスだった。