2050年。ミソラタウンに住む山野バン（ヤマノバン）は、ホビー用小型ロボット「LBX（エルビーエックス）」が大好きな少年。ある日、バンは見知らぬ女性からアタッシュケースを託される。家に持ち帰りバンがケースを開けてみると、そこには「AX-00」と記載された見たことのないLBXが収められていた…。

AX-00を見事に操り、突然襲いかかってきたLBXを撃退したバン。アミやカズ、キタジマ模型店の店長にAX-00を見せるが、それは誰も見たことも聞いたこともない機体であった。AX-00を自分のLBXにすることを決めたバンに、店長は入荷したての「アキレス」をプレゼントしようとする。ところが、アキレスはミソラ二中の四天王の一人である郷田（ゴウダ）という男に奪われてしまっていた。

ゴウダ三人衆とのLBXバトルに勝利し、ついに郷田のいる部屋へとたどり着いたバンたち。アキレスを返せと迫るバンに、郷田はアキレスを返すかわりにそれを使って勝負しろという。郷田とのバトルに勝つしかアキレスをとり戻すことができないと考えたバンは、アミ、カズとともに3VS1のLBXバトルをスタートさせる。アキレスの強さに驚くバンであったが、郷田とLBX「ハカイオー」の圧倒的な強さに、ピンチに陥る。その時、アキレスが意外な動きを見せる――。一方、AX-00を作った博士を拘束する謎の組織。そこでは、AX-00を奪還するためのある計画が進行していた。

郷田とのLBXバトルで愛機「ウォーリアー」を失ってしまったカズは、沈んだ気持ちで街をうろついていた。その時、LBXをズラリと並べた怪しげな露天商に呼び止められる。カズは露天商の勧めで、黄金のLBX「エジプト」を手にする。だが、それはイノベーターの仕掛けた罠だった。バンとアミの前に現れたカズは、エジプトの催眠術に操られ、LBXバトルを迫る。カズの様子がおかしいことに気づかないバンとアミ。アキレスVSエジプトのLBXバトルがスタートした。エジプトのスピードとパワーに押されるアキレスは防戦一方となり、ついに破壊寸前の窮地に立たされる。その瞬間、バンのCCMがこれまでみたことのない反応を示した！

バンたちの前に宇崎拓也（ウザキタクヤ）と檜山蓮（ヒヤマレン）と名乗る男たちが現れた。ある組織によってLBXを使った総理大臣の財前宗助（ザイゼンソウスケ）の暗殺計画が企てられていることを告げる。その話を聞き、暗殺計画の阻止を引き受けるバン。カズには、長距離射撃用LBX「ハンター」が拓也から渡されて…。

父親が生きていると知らされたバンは、宇崎拓也から5年前の飛行機事故の真相を聞かされる。父親である山野博士（ヤマノハカセ）を連れ去ったのも、財前総理（ザイゼンソウリ）の暗殺計画もすべては「イノベーター」と呼ばれる謎の組織によって仕組まれたものだった…。