中学卒業と同時に、富樫勇太は「中二病」を卒業した。暗黒時代の自分を知る生徒が一人もいない高校に進学することで、勇太は、順風満帆な高校生活を手に入れようとしていた。しかし、そんな勇太の淡い期待が、入学初日に脆くも崩れ去った。まさか、クラスメイトに現中二病少女がいるなんて!!!!! 勇太が一番遠ざけたかった存在「中二病」。現中二病少女、小鳥遊六花との出会いから、勇太の高校生活がスタートする。

とうてい“華々しく”とは言えない高校生活のスタートを切った勇太。現中二病少女との出会いにより、順風満帆な高校生活が台無しになったと思われた。しかし、思わぬ形勢逆転を得た。一色誠の悪巧みによりクラス委員になったのだ！ クラスで一番人気の美人、丹生谷森夏と一緒に！ 小鳥遊六花との最悪な出遭いに隠れていたが、最高の出会いもあった勇太。スタートは遅れたが、これでリア充への仲間入りなるか?!

入学から1カ月が経過。丹生谷との距離を、なかなか縮められずにいる勇太。チアリーディング部に体験入部した丹生谷のチアガール姿を、大勢の“偶然体育館を通りがかった連中”と一緒に、遠巻きに眺めるしかない一方で、六花からは『極東魔術結社』なる部活を一緒に立ち上げようと言い寄られる。なぜこうも中二病ばかりが勇太に引き寄せられてくるのか？ そこには新たな中二病少女が現れる。

『極東魔術結社』にくみんが加わったことにより『極東魔術昼寝結社の夏』となった六花発足の謎の同好会。入部するつもりなど全くなかった勇太だったが、丹生谷の入部につられ入ってしまった。なぜこんな部に、クラスで一番人気の美人、丹生谷森夏が入部を？ 魔術に興味がある？ 昼寝に興味が？ もしや…。いや。まさか!? 勇太は様々な憶測を巡らせる。

どうみても健全な活動をしているようには思えない『極東魔術昼寝結社の夏』。とうとう解散の危機に見舞われた。というのも、発起人の六花が数学のテストで見事な最低点を取ってしまったのだ。先生からは、同好会が原因だと言われ、今度の数学の試験で六花が赤点を取ったら同好会は解散させられてしまうことに。

一色誠の元に一通のラブレターが届く。しかし、差出人は不明。勇太に相談するが、差出人に見当もつかない。女の子のことが大好きで、カワイコちゃん選手権なるものを記録している一色ではあるが、差出人不明のラブレターに動揺が治まらない。そんな一色は、ある大きな失態を犯してしまう。動揺に動揺が重なった一色がとった男のケジメとは?!