昔の出来事を受け入れられないでいる六花は、今もなお、そのことを拒絶し続けている。拒絶することで現実まで見えなくなっている六花を心配する十花は、現実を直視するよう六花に強いる。そのことで、六花は十花から逃げ出すように『極東魔術昼寝結社の夏』の面々を実家に置き去りにしたまま、一人で自宅に戻ってしまう。あとを追う勇太。そこに待っていたのは、二人だけの長い夜だった。

あの夏の夜以来、ぎこちない勇太と六花。学園祭の季節になっても、二人はまともに話をしていなかった。明らかに、六花の勇太に対する様子がおかしい。邪王真眼といえども、ダークフレイムマスターには屈してしまうのか？ 六花自身、そう思っていた。しかし、そんな二人の様子を見ていた丹生谷は、早くも何かに気づいたらしい。

六花は、勇太に対する思いが変化していることに気がついた。勇太も同様に、六花に対する思いが変化していた。勇太と六花、二人はお互いの気持ちを確かめ合い、ぎこちなくもありながら、それまでとは違った、新しい関係が生まれようとしていた。しかし、その矢先、学園祭当日、勇太は六花に残酷な言葉を告げなければいけなかった。

六花は眼帯を外し、中二病から卒業することを決心した。元中二病である森夏からのアドバイスを手がかりに、六花なりの努力が見える。そんな姿にホッとしつつも、冴えない表情の勇太。凸守は六花を中二病へと戻そうとするがどうにもならない。

六花から邪王真眼を受け継いだくみん。勇太は、二代目邪王真眼となったくみんの口から、邪王真眼が生れた理由を聞かされた。そのことで勇太は自分の考えを改めた。徐々に自分の気持ちに気づき始めていた勇太。本当は、六花を中二病から卒業させたかったんじゃない。六花の純粋な心、六花の背負ってきた苦しみ、六花のまっすぐな思い、それらを受け止めようと勇太は全力で六花を追った。

色々な事情が重なり、一緒に暮らすことになった勇太と六花。付き合い始めた二人にとってはどきどきな内緒の同棲！なはずが…。普通の女の子とも付き合ったことのない勇太には、中二病の彼女はハードルが高すぎた!? 恋愛をどう進めていけばいいか悩む勇太。そして1つ学年が上がってパワーアップした丹生谷、くみん、凸守たち。さらには十花に六花との同棲がばれて…。またまたドタバタな生活が始まる！

勇太と六花の様子が気になり、二人を尾行する丹生谷、凸守、くみん。しかし、繰り広げられる光景は恋人同士と呼べるものではなかった。勇太のふがいなさに怒った丹生谷は、勇太を巫部風鈴のところへ連れていく。巫部の機転により、勇太は六花とデートすることに!?

ますます中二病が進行している六花の前に現れたのは、勇太の中学時代の友人でもあり、中二病の原点でもある七宮智音だった。二人は一目で互いの立場を理解し、戦いへと突入する。そこにやってきた勇太によって戦いは止められたものの、七宮と勇太の距離が近いことに六花は釈然としない。拗ねている六花に勇太は…。

生徒会選挙にでることになった丹生谷を邪魔する凸守。そんな凸守を大人しくさせようと丹生谷は色々画策する。そこへやってきた七宮から丹生谷が本物のモリサマーだと教えられた凸守。今までと一転、丹生谷にベッタリ…。献身的に丹生谷に協力する凸守。果たして生徒会選挙は上手くいくのか!?

急遽、同好会の活動内容を報告するための代表会議に出席しないといけなくなった六花。しかし結果は惨敗。部室没収かと思いきや、活動の一環でもある昼寝部の方で結果を残せばいいとナナちゃんに言われる。そして極東魔術昼寝結社の夏のメンバーは隣校のシエスタ同好会と対外試合をすることに！

修学旅行に出発した六花と勇太。しかし二人の間に流れる空気はなんだかぎこちなく、六花はついつい逃げ出してしまう。夜、六花は勇太に謝るために部屋を抜け出しこっそり勇太の部屋へ忍び込む!!?