魔法科高校の優等生

２０９５年３月２５日。司波深雪は１５歳の誕生日に、兄の達也と横浜へショッピングに向かう。デート気分を満喫する深雪は、達也からのサプライズなどもあり上機嫌。そんな中、二人の実家である十師族・四葉家から連絡が入り、達也は呼び出されてしまう。一人達也の帰りを待つ深雪。だがその時、火災警報が鳴り響く。魔法による犯罪の気配を察知した深雪は単身、火災の中心へと向かっていく。

第一高校に入学した光井ほのかと北山雫。入試の時から深雪に憧れていたほのかは、図らずも深雪と友人になり大喜び。しかし、同じく優秀な魔法師として注目していた達也が、なぜか劣等生扱いの二科生になっていたと知り、「一科生と二科生の違いって何なんだろう」と疑問を抱く。そんな中、一科生と二科生の揉め事にほのかたちも巻き込まれてしまう。ほのかは禁止されてると知りつつも、魔法で騒ぎを鎮めようとするが……。

第一高校は新入部員勧誘週間の真っ最中。成績優秀なほのかと雫は各部から狙われ、揉みくちゃに。そこに現れた赤毛の美少女・エイミィが二人を救出。三人は友達になる。そんなある日の下校時、ほのかたちは風紀委員となった達也が何者かに襲われるところを目撃。事件と達也に興味津々なエイミィは、自ら犯人捜索に乗り出す。ほのかと雫も巻き込まれ、なぜか少女探偵団が結成されてしまう。

達也は剣道部の壬生たちの言動から、自分を襲った者の正体を反魔法国際政治団体・ブランシュと突き止める。一科生と二科生の分断を図ろうとするブランシュの行動に憤る深雪。一方、ほのかたち少女探偵団は犯人を剣道部の主将・司甲と特定し、尾行を開始するが、気づかれて謎のバイク集団に襲われてしまう。魔法で対抗する三人だったが、魔法を無効化するキャスト・ジャミングを使われて大ピンチに。

有志同盟との討論会の最中、ブランシュの戦闘部隊が第一高校に侵入。ほのかと雫も襲われそうになるが、魔法で応戦。深雪たちの活躍もあり、大事には至らなかったが、ほのかたちはブランシュのやり方に憤りを隠せない。深雪と達也はブランシュを完全に叩き潰すべく、エリカたちと共に敵のアジトへ乗り込む。魔法師を化け物と呼び、その存在を認めないブランシュの戦闘員たちに対し、深雪の恐るべき魔法が放たれる。

全国魔法科高校親善魔法競技大会、通称「九校戦」。今年は一高の３連覇がかかっているため、真由美たち最強世代は気合いが入っている。一方、第三高校は一年生の一色愛梨・十七夜栞・四十九院沓子らを筆頭に、打倒一高に燃えていた。かくして九校戦が開幕。一高は順調にポイントを挙げていくが、バトル・ボードの競技中に優勝候補の摩利が事故に巻き込まれて負傷。総合優勝を狙う真由美は、摩利が出場する予定だったミラージ・バットの代役に、深雪を指名する。