魔法科高校の劣等生

西暦2095年──魔法が現実の技術として確立し、魔法師の育成が国策となった時代。国立魔法大学付属第一高校に対照的な兄妹が入学した。主席入学を果たした司波深雪は成績優秀な『一科生』。ある欠陥を抱えた兄の司波達也は『一科生』の補欠『二科生』に所属する。入学直後から、才能容姿ともに完璧な深雪には多くの取り巻きができるが、深雪が心から慕うのは達也のみ。そのせいで達也は一科生から敵視されるようになり…。

深雪を巡る対立は、達也の機転で大事にならずにすんだものの、一科生と二科生の間に横たわる差別意識を浮き上がらせる結果となった。翌日、生徒会長の七草真由美から生徒会に勧誘された深雪は、入試のペーパーテストで一位を取った達也こそ役員にふさわしいと提案する。しかし、生徒会役員は一科生から選ぶという規則があり、深雪の願いはかなえられない。すると、風紀委員長の渡辺摩利が達也をスカウトすると言い出す。

生徒会副会長の服部刑部との模擬戦に勝ったことで、達也の実力が証明され、風紀委員会入りが決定した。二科生が風紀委員になるのは前代未聞であり、今後起こるであろう各方面からの反発を予想し、さすがに気が重くなる達也。しかし、服部を倒した実績は実力主義者である風紀委員の多くから認められ、歓迎される。それから間もなくして、風紀委員会にとって最初の山場となる新入生部員勧誘週間がやってきた。

部員勧誘演武の場で、剣道部の壬生紗耶香と剣道部の桐原武明が衝突。エース同士の争いは両部の乱闘にまで発展したものの、達也がケガ人を出すことなく騒動を収めた。達也の活躍はすぐに広まり、有名になると同時に何者かによる嫌がらせを受けるようになる。ようやく勧誘週間が終わった折、紗耶香から呼び出された達也は剣道部に勧誘される。丁重に、かつ即座に断った達也に対し、紗耶香は二科生の待遇への憤りを打ち明ける。

二科生の待遇改善を求める“学内の差別撤廃を目指す有志同盟”が放送室を占拠した。彼らは差別撤廃を求めるが、達也や部活連の会頭・十文字克人によって占拠は失敗。真由美から公開討論会を提案され、いったんは解散する。翌日、約束の討論会が開催された。差別ではなく、差別意識の克服を訴える真由美の主張に、生徒たちはみな拍手を送る。ところが、そこに同盟を陰で操る政治結社“ブランシュ”が奇襲をかけてきて……。

生徒会や風紀委員の活躍によって、ブランシュの襲撃は速やかに鎮圧されていく。敵の情報を得た達也は、深雪たちとともにブランシュが狙っているという図書館へ急ぐ。 同じころ、図書館にある特別閲覧室では、テロリストが魔法大学の所蔵する機密文献にハッキングを仕掛けていた。同盟のリーダーである司甲から、彼らの手引きを命じられた紗耶香。言いつけに従いながらも、明らかな犯罪行為を前に心中は複雑で……。