研修医の栂野真琴 (北川景子) は、内科教授･津久場公人 (古谷一行) の勧めで法医学教授･光崎藤次郎 (柴田恭兵) の下、法医学の研修を受けることになる。そんな真琴のところに「父親が起こした自動車事故で亡くなった女性を解剖してほしい」という少女からの電話がかかってくる。父の無実を信じる少女のためにと真琴は被害者遺族を説得するが拒否されてしまう。だが、光崎は遺族感情を無視するかのように解剖を強行する。

真琴は光崎の腕に魅了されるも強引な解剖に不信感を抱く。そんな中、ボートレース中に選手が死亡する事故が発生。操縦ミスによる事故と処理されたが、選手の妻は「事故のはずがない」と警察に訴えていた。刑事・古手川和也（尾上松也）が持ち込んだ映像では事故に見えるが、光崎はその検案書に疑問を持ち動き始める。一方、津久場は中央監察医務院が検案をした遺体の解剖は問題になると、暴走する光崎を止めようとするが・・・・・・。

真琴の親友･柏木裕子 (佐藤めぐみ) が緊急搬送される。彼女のそばにいながら、裕子の症状に気付かなかった自分を責め、裕子を救おうと必死に処置する真琴。だが、処置室にはアラーム音が鳴り続けていた。一方、光崎は裕子の症状に不審な点を見つけると、ある男を呼び出し、患者のリストを要求する。彼が強引な解剖を続ける理由とは。集められたデータの中にどんな真実が眠っているのか。光崎の本心が見え始める。

光崎が解剖した3人の遺体には、浦和医大の元患者であり、主治医が梶原英雄 (相島一之) という共通点があった。立て続けに亡くなった患者の死因を医療ミスと疑う古手川。真琴は梶原を問い詰めるが、梶原は妙な言い掛かりはよせと立ち去ってしまう。見え隠れする浦和医大の闇に真琴と光崎が迫ろうとしていた。疑いを掛けられた梶原は津久場と医学部長･坂元義彦 (金田明夫) のもとへ。ついに坂元は光崎を排除しようと画策する。

セチルミンの誤投与が発覚するも、梶原の自殺で真相が闇に葬られてしまう。その最中、入院患者の少女に血栓が疑われる同じ症状を発見する真琴。その患者の主治医は、梶原でなく真琴が尊敬する津久場であった。津久場もまた誤投与していたのか、ショックを隠し切れない真琴。少女の死は刻一刻と迫っていた。真琴は津久場に真相を尋ねるが、津久場は決して誤投与を認めない。果たして、真琴と光崎は少女を救えるのか。