なんでもＯＫ事務所に所属する伊賀忍者ピュンピュン丸と、その弟でとんでもない泣き声を上げるチビ丸。がめつい所長の叱咤を受けて、彼らは日夜珍事件を追う。同じ事務所の甲賀忍者さゆりちゃんはピュンピュン丸の憧れの人だが、ふられっぱなし。そうかと思えば、ピュンピュン丸にベタ惚れのケメ子が、行く先々で彼を追い回す。そして出没する怪盗スルメイカ衛門、日光からきたニコニコ忍者、七色頭巾ら訳の分からない連中がドタバタに拍車をかける。(C)秦企画・東映アニメーション