マザーメルザード率いる「メルザード一族」による地球の侵略が始まった。街を破壊するギドーバに、高校生の鳥羽甲平は生身で立ち向かう。その甲平の熱い思いが奇跡を起こし、甲平はビーファイターカブトに超重甲した。そして、怪人エレバンモスに立ち向かっていく!

ライジャに苦戦するカブト。見かねたクワガーが援護しようとするが、チームワークの乱れによってビーファイターは一時撤退せざるを得なかった。いつになく荒れる健吾は、甲平に反発して飛び出してしまう。その様子を見ていた小山内博士は、健吾がカブトのパイロットを目指して激しい訓練を積んでいたことを話す。

腹ペコで力の出ないモゲラードは力の源であるメガミザクラの実を探していた。そして、そのメガミザクラは甲平たちの街の商店街で、守り神として親しまれている七色の桜だった。蘭が挑戦していた桜祭りの桜餅大食い大会に変装したミオーラが紛れ込み、モゲラードが出現。蘭は超重甲し、祭りを守るために戦う!