パズルが大好きな高校生、大門カイトは幼なじみの少女ノノハと地下遺跡に隠された「解けない迷路」に挑む。それは謎の頭脳集団POGが作り出した「賢者のパズル」だった。そこで「オルペウスの腕輪」を手に入れたカイトは、「神のパズル」を解くことができる存在＝ファイ・ブレインの候補者として認められ、アインシュタインの称号を受ける。それは、POGとの賢者のパズルをめぐる長い戦いの始まりでもあった。カイトたちはPOGとの命がけのパズル・バトルを勝ち抜き、ファイ・ブレインと神のパズルの謎を解き明かすことができるか？
エピソード1
迷宮にひそむ契約
「決まってる！ パズルタイムの、始まりだ！」√（ルート）学園高等部1年生、大門カイトはミノタウロスという謎のギヴァー（出題者）から「賢者のパズル」への招待状を受け取る。解くのに失敗すれば死ぬかもしれない、危険な賢者のパズル。そんなパズルを放っておけないカイトは、ノノハとともに遺跡の地下に眠る巨大な迷路に挑戦する――。
エピソード2
賢者の報酬
「俺の稼ぎを邪魔するヤツは、タダじゃすまさねぇぜ！」カイトの前に、「ガリレオ」の称号を持つ逆之上ギャモンが現れた。「俺の頭脳は金になる」というポリシーでパズルを解いているギャモンは、自分の狙った財を解放してしまったカイトを目の敵にして、ことあるごとに挑発してくる。そのカイトの元へ新たな賢者のパズルへの招待が届くが、それを知ったギャモンは……。
エピソード3
天才少年の憂鬱
「パズルなんて天才のやることじゃない」「エジソン」の称号を持つ天才中学生、キュービック・G（ガロア）は、カイトの才能に興味を持ち、人に役立つ共同研究をしようと誘ってくる。だが、パズルにしか興味のないカイトは、キュービックの言葉に全く耳を貸さない。そんなカイトに、キュービックは自分で発明した「パズルよけのお守り」を付けてしまう――。
エピソード4
密室の少女
「カイトは本当にパズルが好きなんだね」ソウジの依頼を受けて、「ダ・ヴィンチ」の称号を持つアナ・グラムと一緒に風景画家の家で「賢者のパズル」を解くことになったカイト。危険なパズルに他人を巻き込みたくないカイトだが、マイペースなアナの言動に振り回されてしまう。一方、カイトとアナが2人で行動することが気になったノノハは……。
エピソード5
悪夢からの招待状
「どうして……どうして知ってるんだ、このパズルを……」ビショップという男の案内でPOGの研究施設へ向かったカイトたち。POGジャパンの総責任者が、カイトとの対面を望んでいるというのだ。だが、施設で彼らを迎えたのは3つのパズルだった。それを解いた先に総責任者が待っているらしいのだが、自分にとって思い出深いパズルばかり出てくることに違和感をいだいたカイトは――。
エピソード6
光への復活
「パズルが解けなくてもカイトはカイトだよ。大丈夫」オルペウスの腕輪の力によって感情が暴走し、パズルが解けなくなってしまった大門カイト。そこへ新たなギヴァー、鬼の手姫からの招待状が届く。しかし、カイトは招待状に書かれた単純な暗号すら解くこともできず、動揺する。その様子を見たノノハは、「辛かったらパズルをやめたらいいと思う」と励ますのだが――。
清水香里
福山潤
浅沼晋太郎
斎藤千和
佐藤順一
関島眞頼
