パズルが大好きな高校生、大門カイトは幼なじみの少女ノノハと地下遺跡に隠された「解けない迷路」に挑む。それは謎の頭脳集団POGが作り出した「賢者のパズル」だった。そこで「オルペウスの腕輪」を手に入れたカイトは、「神のパズル」を解くことができる存在＝ファイ・ブレインの候補者として認められ、アインシュタインの称号を受ける。それは、POGとの賢者のパズルをめぐる長い戦いの始まりでもあった。カイトたちはPOGとの命がけのパズル・バトルを勝ち抜き、ファイ・ブレインと神のパズルの謎を解き明かすことができるか？