新光歴238年。ヒューマン、ニューマン、キャストの三種族により構成された惑星間飛行船団、通称『オラクル』。彼らは外宇宙に進出し、数多くの銀河を渡っていた。外宇宙にて、新たに発見された惑星には調査隊として組織された『アークス』が降下し、調査と交流を行う。数多の星に潜む『ダーカー』と呼ばれる生命体を殲滅するために創設された組織である彼らは、宇宙に平穏が訪れる日まで旅を続ける・・・・・・そして今、新人アークス「アッシュ」は広大な宇宙へと足を踏み入れる――

多くの犠牲を出した新人訓練から、無事に生還したアッシュとアフィン。アークスとして初の任務に就くことになった二人は、新人訓練で助けた謎の少女、マトイと共に再びナベリウスに降り立つ。指揮官のコハナと共に、ナベリウスで活発化したダーカーたちを殲滅しようとする三人。しかし、そこで新たな脅威に直面する・・・・・・

惑星ナベリウスにて任務中、アークス最強の六人『六芒均衡』の一人であるという少女と出会ったアッシュは、アークスと『ダークファルス』の戦いについて知ることになるが・・・・・・

アークスシップで束の間の休息を楽しむアッシュたちは、アークスを目指す少女ウルクと出会う。彼女はアッシュたちの同期の中に、自分を置いて先にアークスになった幼馴染がいると言うが・・・・・・

メディカルセンターに向かう中、ゼノ、エコーと再会したアッシュ。マトイと合流し、安堵したのも束の間、その場にゲッテムハルトが現れ・・・・・・