強固な警備でガードされた外国の病院に、黒マントを羽織った怪しげな男が現れた。彼の名はブラック･ジャック (高橋一生) ――法外な治療費と引き換えに、どんな手術も成功させる無免許の天才外科医だ。人目を忍んで彼を呼び出したのは日本の法務大臣･古川正文。実は、息子の古川駿斗が旅行中に危険ドラッグ運転で事故を起こし、あらゆる臓器が激しく損傷。今しがた発生したドナーから臓器をすべて移植し、駿斗の命を救ってほしいのだという。そんな古川に、ブラック･ジャックは「息子さんの命はいくらですか?」と尋ねた上で合意。極秘手術を引き受けるのだが…。