『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』によって改造人間(サイボーグ)となった009たちは、追手の暗殺者たちと戦い、自らの存在理由に迷いながらも一縷の希望も見出していた。自分たちは“悪”によって与えられたこの力で“悪”に立ち向かうこともできる。そんな時、イワンが“悪魔”の出現を警告する。一方、デーモン族の勇者・アモンと合体し、悪魔人間(デビルマン)となった不動明は飛鳥了と二人で人知れずデーモン族と闘っていた。改造人間と悪魔人間。一つの事件により両者の道が重なった。新たなる混乱の果てにあるのは、希望か絶望か――?!