ウイルステロの捜査に乗り出した警察庁の秘密部隊「サードアイ」は、天才ハッカー･高木藤丸 (三浦春馬) にロシア軍用施設のコンピューターへのハッキングを依頼する。

藤丸 (三浦春馬) が病院に駆け付けると妹･遥 (川島海荷) の姿はなく、病室には女医･京子 (宮澤美保) の遺体が。そこで鳴った電話は、遥を連れ去った男からで…。

マヤ (吉瀬美智子) に銃を向けられ絶体絶命の藤丸 (三浦春馬) のもとに、間一髪サードアイが駆け付け、救出に成功。マヤは捕獲され、テロ組織について尋問を受け…。

藤丸 (三浦春馬) はマヤ (吉瀬美智子)、宝生 (片瀬那奈) に追いつめられ、USBを奪われた末にサードアイへ「スパイは加納 (松重豊) だ」とウソの情報を伝えさせられる。

藤丸 (三浦春馬) が抗ウイルス剤の在りかを突き止めるべく、音弥 (佐藤健)、あおい (藤井美菜) とやってきた生物化学研究所には、既にテロリストが侵入していて…。