舞台はニューメキシコ州北部。プレーリードッグのオスたちが４か月の冬眠から目覚め、主権を争っている。平原に住むファーギーは、現在のボス、ブルータスを倒し、一旗揚げようとしていた。一方の高原では、ボスのナッシュが縄張りを狙う２匹を追い払おうとする。

ニューメキシコ州北部にも暖かい季節が到来し、繁殖期が始まった。平原ではファーギーがブルータスを倒し、ボスの縄張りのメスと暮らす権利を得なければならない。一方、高原に住むナッシュは、すべてのメスが発情期に入るのを待っていた。

ニューメキシコ州北部では、プレーリードッグの繁殖期が終わろうとしていた。平原のボス、ファーギーは、妊娠中の妻を心配させる泥棒たちにやきもきしている。一方、高原に住むナッシュは、危険な天敵から妊娠中の妻を守らなければならない。

ファーギーはブルータスからボスの座を奪取した後、妊娠中の未亡人の面倒を見ようと考える。しかしファーギーの妻はそれを快く思わない。高原の反対側では、ルビーがシングルマザーの大変さを知り、足を踏み鳴らすオスが何を伝えたいかを必死で考える。

プレーリードッグの子どもが生まれ、ドッグ・タウンもにぎやかに。平原ではジューンが子どもに自信を与えようと頑張り、ルビーは思いもよらない侵入者に遭遇する。一方の高原では、スカーレットがシングルマザーとして子育てに奮闘。

高原では食糧不足が深刻に。シャーロットは厳しい干ばつを乗り切るために、わんぱくなオスたちと戦わねばならない。平原では、ジューンの母乳が出なくなり、末っ子ハイドを育てられるか心配する。まだ固形物が食べられないハイドは離乳に苦労する。