15歳になったベンは普通の生活を送っていたが、ある日祖父のマックスが姿を消してしまう。ベンとグウェンは、マックスの元同僚でエイリアンのマジスターと共に、永遠の騎士団とDNAリアンの武器取引の現場へ向かう。

ドラゴンから逃げだしたベンたちは永遠の騎士団に囲まれる。ベンの活躍もあってうまく切り抜けるが、ケビンをかばったマジスターが命を落としてしまう。ベン、グウェン、ケビンはエイリアンの地下基地を発見し...。

ケビンのプラマーバッジが鳴り、マックスからの合図ではないかと考えたベン、グウェン、ケビンはバッジの示す方へ向かうが、マックスは見つからなかった。そんな時、ヒートブラストに変身した少年・アランと出会う。

マックスの車を修理したケビンは、ベンたちをだまして車を持ち去ってしまう。ベンたちはグウェンのパワーでケビンの居場所を突き止める。ケビンは盗んだ車を悪党・アルジに見せるが、アルジは車を盗み去ってしまう。

グウェンの兄・ケンがエイリアンに拉致される。ベンたちはケンの行方を追うが、発見した時にはすでにゼノサイトに取りつかれ、DNAリアンに変えられていた。オムニトリックスの助けでベンがゼノサイトを引き離し...。