謎を秘めた学院の生徒たちは、いつの頃からか、辺境の王子、「マージナルプリンス」と呼ばれている。（視聴者の）弟・ユウタが留学した先は、日本からはるか遠く、大西洋に浮かぶ地図には載らない小さな島、聖アルフォンソ島。外界と遮断されたこの地に、全寮制男子校・聖アルフォンソ学院はある。 ここは訳ありセレブの子息が集まる特殊な学院。帝王学や錬金術など、自分の学びたい学問を特別授業で自由に受講できる。 謎を秘めた学院の生徒たちは、いつの頃からか、辺境の王子、「マージナルプリンス」と呼ばれている。 月桂樹の森に囲まれたこの学院で、王になる為の勉学を送る彼らの背後には、常に大きな陰謀が渦巻いていた。 はたして、彼らが選ぶ運命とは？