2128年、火星。キャナルシティでステージに立つ歌手『サラ・フィッツジェラルド』は『ルジュ・レッドスター』という不思議な少女と出会い付き人にする。同じ頃、人造人間〈ネアン〉の生命維持に必要な薬品〈ネクタル〉の密売人たちが何者かに襲撃されるという事件が起こる。その密売にはサラの愛人、ネクタルの製造元であるパナケア・コーポレーション・火星支社の重役『ヘルマン・ヘイワード』も関わっていた。ステージを終え、ヘルマンと共に過ごしていたサラの元にも現れる襲撃者。難を逃れた彼女に接近する謎の男。そして、ルジュの前には『ナオミ・オルトマン』と名乗る女性が現れ、サラに関するある情報を渡すのであった。サラに秘められた過去、そしてルジュの真の目的とは……？

華やかなショーを始める移動カーニバル。一方、ルジュはユバル殺害の疑いをかけられCFNに拘束されていた。メッセージバードを通じ、脱出を勧めるナオミ。だが、裏に幻影のヴェルデの関与があるとにらんだルジュは、あえてとどまることを選ぶ。CFNの幹部『デュマ』によって執り行われるルジュへの尋問。同じ頃、警察はユバル殺害の情報を得て、ネアン居留地へ治安部隊を出動させる。混乱に乗じルジュの救出に向かおうとしたナオミは、同じく居留地内に入ろうとしていた守護局捜査官『アッシュ・スタール』とその相棒であるネアン『ノイド２６２』と合流する。治安部隊によって始められるネアンへの弾圧。騒ぎを見つめるアフダルの目に映るものとは……。

火星での任務を終え、連絡船で地球へと帰還するルジュとナオミ。二人は隣の客室の乗客、『アエス・マキアス』『アリス・マキアス』という双子の姉弟と知り合う。『人形遣い師』のもとで見た幻が気になっているルジュ。彼は自分に何をしていたのか？ 同じ船には帰還命令を受けたアッシュとノイドも乗っていた。突如、彼らの前で発生する殺人事件。監視カメラの映像から犯人はすぐに捕まるが、同時刻、別の場所を映すカメラにも、その姿は映っていた。混乱するアッシュたちを尻目に起こる第二、第三の殺人事件。アッシュは容疑者としてナオミを拘束。監視カメラに殺人を犯す彼女の姿が映っていたのだ。無実を証明し、真犯人を捕まえるため、ルジュとナオミは動き出す。