ゲンキが「モンスター甲子園」で優勝し、「モンスターファーム200X」のCD-ROMを手に入れる。さっそく試してみると、なんと！ ゲンキは「モンスターファーム」の世界に召喚されてしまった！ そこで、ホリィとスエゾーに出会ったゲンキは、この世界が悪の権化ムーに脅かされていることを知る…。

ワルモン・ジャアクソウとの攻防の末、一人を倒して、新しい円盤石を手に入れたゲンキ達。ところがそこに謎の少年アランが現れ、円盤石を奪っていった！ 追いかけるゲンキとモッチーだがアランの操るワームに邪魔をされてしまう。

旅の途中で野良のモンスター（ノラモン）の盗賊、「疾風のライガー」に出くわしたゲンキ達が、ガイア石を奪われてしまう。一方、「疾風のライガー」達がアジトに帰ると、ワルモン軍団が襲いかかり、ライガーの弟がムーにさらわれてしまう…。