攻撃されたラーゼフォンは綾人と同調し、ドーレム・フォルテシモを粉砕、「回廊」を作って飛び去った。外から故郷を見た綾人は、TOKYO JUPITERというものを目撃する。謎の存在MUに占拠された首都は不思議な膜に包まれ、住人は偽りの生活をしていた。しかも、膜の外部とは12年もの時間差が生じていた。

TERRA特務航空母艦リーリャ・リトヴァクに収容された綾人は、不思議な少女・如月久遠を始めとして、多くの人々に出会う。ラーゼフォンはオーパーツとして特設輸送艦ユリシーズに移され、TOKYO JUPITERから来た綾人も監禁される。そこに、深海から新たなドーレム・グラーベが接近してくる。

綾人のドーレム撃退によりラーゼフォンの連合への移送は中止、TERRAの本拠地・ニライカナイ島のネリヤ遺跡で運用されることになった。TERRAの一員として迎えられ、如月博士の案内で新しい家へと案内される綾人。そこは遙が妹の恵と同居している六道家であった。そこで過ごす時間の中で、綾人の心は開いていく。