聖14学園の小学二年生、まおちゃん、みそらちゃん、そしてシルビーちゃんの3人は、実は日本を守る防衛隊。エイリアンを防衛するために今日も出動する。大型エイリアンに対して使用した防衛結界は失敗に終わったが、内閣支持率は高騰してしまった……！

まおちゃんのおじいちゃんである鬼瓦陸士郎は、陸の防衛隊幕僚長。幕僚長がまおちゃんの誕生日にクローバーのバッジをプレゼントすると、バッジは突然光を放ち、まおちゃんは陸の防衛隊の第二種装備に早変わり！ まおちゃんが小学生隊員になったきっかけが明らかになる……。

日本に現れた蝙蝠エイリアンは、まおちゃんが防衛できない空に逃げてしまった。そこへまおちゃんのクラスメイトで、空の防衛隊のみそらちゃんが初出動。みそらちゃんが、お説教をして懲らしめた！ サポートメカのみーくん、はやてが初めて登場。みーくんが組み立て式であることも明らかに……。

空の防衛隊幕僚長はみそらちゃんのおじいさん。陸の防衛幕僚長とはライバルらしく、孫娘たちが共同で防衛することを拒む。しかし、退治が困難なエイリアンの出現に、2人の孫娘は一緒に防衛したいと嘆願。許可を得て、無事日本を守った……。謎の2人組、ゆり子とちなみが登場！

海に出現した金魚エイリアンから日本を防衛するため、海の防衛隊の小学生隊員である丸山シルヴィア（通称、シルビー）が出動した。だが、あまり積極的ではないシルヴィア。他の2人に押されてシルヴィアが念じると、バトンが光線を放ちエイリアンを撃退した……。「かわいい宇宙人講座」では物語の謎が少し解明される！

海の防衛隊の丸山シルヴィアが、まおちゃんたちのクラスに転入した。3人でシルヴィアの家に遊びにいくが、家とはサポートマシンの中。そこに突然かわいいエイリアンが出現！ まお、みそらは慌てるが、シルヴィアが気づかぬままにイルカエイリアンを退治して、見事防衛成功。天然シルヴィアの初防衛が成功した。なーちゃん初登場。